支付宝是蚂蚁金服旗下的子公司，因为取得基金销售资格所以能销售基金。而证券公司是依法设立可以从事证券投资咨询业务或自营业务、发行和承销的机构，取得销售资格后也可以销售基金。
但二者销售的基金都不是自己发行的，而是代销的，在这两个平台购买基金的区别有：
证券公司买基金：
既能购买场内基金也能购买场外基金。
场内基金至少购买，如：当前etf的价格是，则购买一手在不计入手续费的情况下需要。购买后第二天可以卖出，卖出不需要支付过户费和印花税。
券商用户多，所以有些产品的手续费可能打折可能不打折。
支付宝买基金：
支付宝上只能购买场外基金，不能购买场内基金。
支付宝上购买基金的手续费折扣多，所以可能比券商便宜，具体要看折扣程度。
由于支付宝是互联网营销，所以没有专门的理财经理服务，而券商一般都有专人负责。