花瓜和西瓜的区别有：别称不同，形态特征不同，命名者和发现年代不同。具体如下：
一、别称不同。
1、花瓜又被称为：瓜萎、瓜楼、药瓜。
2、西瓜又被称为：胜瓜、菜瓜。
二、形态特征不同。
1、花瓜果梗粗壮，长4-11厘米。果实椭圆形或圆形，长7-10.5厘米，成熟时黄褐色或橙*。种子卵状椭圆形，压扁，长11-16毫米，宽7-12毫米，淡黄褐色，近边缘处具棱线。花期5-8月，果期8-10月。
2、西瓜果实圆柱状，直或稍弯，长15-30厘米，直径5-8厘米，表面平滑，通常有深色纵条纹，未熟时肉质，成熟后干燥，里面呈网状纤维，由顶端盖*。种子多数，黑色，卵形，扁，平滑，边缘狭翼状。花果期夏、秋季。
三、命名者和发现年代不同。
1、花瓜的命名者是maxim，被发于1859年。
2、西瓜的命名者是(l.)roem，被发现于1846年。