借款合同纠纷的处理方式有：
1、协商。
2、调解。调解有以下三个特征：第一，调解是在第三方的主持下进行的，这与双方自行和解有着明显的不同;第二，主持调解的第三方在调解中只是说服劝导双方当事人互相谅解.达成调解协议而不是作出裁决，这表明调解和仲裁不同;第三，调解是依据事实和法律、政策，进行合法调解，而不是不分是非，不顾法律与政策在“和稀泥”。
3、仲裁。
4、诉讼。也就是打官司。一般历时较久，但是费用相对较低。
【法律依据】
根据《民事诉讼法》第一百二十二条规定，当事人起诉到人民*的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。