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在现代战争第一部中，牛牛特种部队和鹰酱特种部队挫败了大毛家激进分子的阴谋，将民粹首领扎卡耶夫斩首在斯坦羊地区。但是扎卡耶夫的死亡反而激起了大毛家民众的同情，他被塑造成英雄，大毛和鹰酱之间的合作关系也在人民不满的情绪中破裂，对立情绪浓厚。
继承了卡扎耶夫势力的马卡洛夫是一个更加激进的领袖，行事更加肆无忌惮，蓝星上凡是有叛军的地方就有他的身影。
2013年，牛牛部队在追杀马卡洛夫的行动中被埋伏，第一部主角之一的特种部队指挥官普莱斯为了掩护队友撤退被俘，对于这个一直与己方作对的头号分子，马卡洛夫并未一杀泄愤，而是丢进自建的监狱里慢慢炮制，让他生不如死。（该剧情来自COD微电影《王鱼行动》）
遭受惨败的牛牛国终于对鹰酱在第一部里吃了大伊万的杯具感同身受，为了灵活反应、方便抓捕，蓝星“警察”大队决定成立141联合特种部队，号称地表最强，专门和敌对势力掰手腕，第一部的另一位主角肥皂成为其元老级成员。
时间又过去了三年，第二部剧情也在中东地区拉开序幕，鹰酱的步兵侦察部队游骑兵团驻扎于此为骆驼国培养政府军。
在火力优势下，游骑兵团很快扫清外围，但进入小镇后却步履维艰，因为小镇有不少平民，在无法区分敌我的情况下，鹰酱指挥部禁止攻击没有携带武器的骆驼。
我们就不吐槽这种牌坊行为了，总之鹰酱为了骆驼国的解放事业付出了巨大的牺牲，我们的临时主角艾伦在没有三笠的情况下以一己之力将队友带出伏击圈，又救援下其他小队，立下了不小的战功，也因此被谢菲尔德看中，把他推荐进入141特种部队。
在艾伦更换东家的时候，我们另一位主角，141特种部队的小强正在上一代主角肥皂的带领下潜入斯坦羊地区执行任务。
原来鹰酱家的军事卫星没有过三包，在返地途中邮错了位置，跨越整个太平洋坠毁在斯坦羊边境山区，而卫星中的ACS模组，即攻击识别系统，是鹰酱家防空体系的密钥，属于最高机密，他们必须回收。
但是大毛的人已经先一步到达，为了扒光卫星，还建立了前进基地。
小强和肥皂过雪山、攀冰壁、跨峡谷，最终到达基地，利用先进装备秘密潜入后，干净利落地拿到模组、摧毁卫星，然后跨着雪地摩托雪山狂飙，一骑绝尘。
二人王者归来，艾伦深受激励，在谢菲尔德的怂恿下接受了卧底到恐怖分子马卡洛夫阵营的任务，不久之后就跟随马卡洛夫参与了大毛莫斯科国际机场大屠杀，在干了一票震惊全球的恐怖袭击后，马卡洛夫一枪崩了艾伦，将他丢在机场，艾伦死亡，成为《使命召唤》系列最短命的主角。
而这一切都是精心设计的陷阱，艾伦卧底身份早就被人出卖，然后又被马卡洛夫利用，当他鹰酱的身份被大毛调查出来后，本来已经处于外交冰点状态的大毛在怒不可遏之下对鹰酱发起了战争。
鹰毛战争的阴云且让它酝酿一会，视角再切换到141这边，他们还不知道艾伦是被出卖的，只认为是马卡洛夫的阴谋，为了挽救即将到来的战争，他们决定先一步抓住马卡洛夫，为鹰酱洗白白。
马卡洛夫同样滑不溜手，141只能通过抓捕他手下的一位军火商再去定位他，一行人来到凯鼠家的里约热内卢，经过一番探索，在贫民窟发现了军火商，经过一场惨烈的巷战，死伤数人后终于抓到军火商。
尴尬的是贫民窟里没wifi，任你再高级的电子设备连不了网也只能抓瞎，141呼叫不了增援，也难以带着俘虏撤退，只能火线逼供，但就在他们逼供的时候，鹰毛大战已经开始。
在141回收ACS模组的时候，大毛实际已经破解了其中的内容，让肥皂和小强回收模组且成功逃脱也是他们设计好的剧本，一切都是为了放松鹰酱的警惕心，让他们没有以最快速度更换防空体系。
这不，大毛就利用这一点，对鹰酱家西大门伪装了一场大规模的空中侵袭，带动了鹰酱内部力量投入西战场，结果大毛真正的兵力悄无声息地投放到鹰酱东大门，来了一出抢滩登陆，一路开片儿到华盛顿，迅速瘫痪了鹰酱的中央指挥系统。
而刚刚从骆驼国撤军的游骑兵团恰好在首都休整，面对出其不意的大毛，他们立刻组织防御，和当地少量的驻军部队形成了东线战场最后的防线。
鹰酱本土打出狗脑子的时候，里约大冒险的141部队终于拷问到一则关键信息，上文提到过被俘的牛牛特种部队指挥官普莱斯被囚禁的位置曝光，普莱斯曾经片儿了他老师全家，又追着他跑遍五湖四海，马卡洛夫对其可谓恨之入骨，救出他，说不定能钓出马卡洛夫。
说干就干，肥皂带领141冲出贫民窟在“警察”大队的帮助下，空降孤岛救出普莱斯，普莱斯被关押的几年也搞到了不少情报，确实知道马卡洛夫当下潜藏的地点，但当谢菲尔德要求普莱斯带队追杀马卡洛夫时，普莱斯却表示我是牛牛的人，你鹰酱凭什么指挥我？
掐掉与141指挥部的通讯，普莱斯立刻策反了曾经的小弟肥皂，将141队员全部收编，他要做的是尽快结束鹰酱本土战争。
普莱斯带领141就近潜入到大毛家的一个大伊万基地，劫持大伊万之后，转头又给鹰酱来了一发。
普莱斯当然不是要摧毁华盛顿，而是让大伊万在华盛顿上空空爆，庞大的电磁辐射瞬间瘫痪了所有电子产品，大毛和鹰酱的高科技装备全部瘫痪，接下来演变成堆人环节，跨海作战的大毛当然没有鹰酱本土作战的优势，时间越长对他们越不利。
141为鹰酱争取到了喘息的机会，游骑兵团的白宫保卫战也保住了反攻阵地，他们的顶头上司谢菲尔德成为这场战争的最大赢家。
鹰酱本土战争仍在拉锯，另一边，因为选择拯救鹰酱而错失抓捕马卡洛夫机会的141，在不久后又接到谢菲尔德的命令，他们要将功赎罪，倾巢出动覆盖马卡洛夫可能落脚的两个地点。
141分别行动都遭到了惨烈的阻击，小强队伍意外在马卡洛夫的庄园得到了他的私人电脑，其中就有马卡洛夫策划大毛国际机场屠杀事件的证据。
小强队伍为了保护证据死伤殆尽，最终将情报交给亲自过来接应的谢菲尔德，但谢菲尔德拿到情报后，辣手杀掉了这个小队所有人，小强成为这部作品第二名阵亡的主角。
真相浮出水面，谢菲尔德才是所有事件背后的黑手，原来他是鹰酱这边的民粹主义分子，马卡洛夫策划鹰毛战争是为了浑水摸鱼，却不知谢菲尔德也早就想策划鹰毛战争了，因为只有伤痛才会仇恨，只有仇恨才能让民粹抬头，双方本敌对，却殊途同归。
艾伦卧底身份暴露是存有疑点的，所以谢菲尔德需要销毁这方面的证据；同时马卡洛夫策划屠杀案的证据也不能立刻泄露，避免鹰毛放下仇恨握手言和。
总而言之，小强他们facebook，但谢菲尔德没有料到，小强的通讯系统连接着另外一队，普莱斯听得清清楚楚。
普莱斯的队伍此时也在和马卡洛夫交战，听到另一队出事后马上准备撤退，但却得知谢菲尔德的私人部队也即将抵达战场，这里即将上演《三国演义》。
141的成分本就复杂，普莱斯不知道这时候身边的队友是否被策反，只能警惕着试探能带走谁。
等几个还能够信任的队友汇合后，普莱斯打通了马卡洛夫的电话，引用兔子名言“敌人的敌人就是朋友”打动了马卡洛夫，在这位恐怖分子新朋友的帮助下，他们得到了载具赞助，但最终也只有普莱斯和肥皂生还，事实证明上一代的主角光环依然笼罩在这一部里。
普莱斯和肥皂临阵脱逃且疑似与恐怖分子合作成为国际战犯，他们既证明不了谢菲尔德的罪行，也洗脱不了自己的罪名，但是作为战士，他们可以将谢菲尔德肉体毁灭。
在马卡洛夫的情报网支持下，一段时间后，他们抓住谢菲尔德出现在中东某训练基地的机会悍然发动突袭，爬山淌河打灰机，最终终结了谢菲尔德。
第二部的故事也到此结束，但鹰毛战争并未结束，恐怖分子头领也依然逍遥自在，这一切都将在第三部迎来终结。
我是喵乐，一个热衷于二次元剧情的小编，如果感到有趣敬请关注，期待后续内容。