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木叶48年，作为宇智波斑的继承人面具男阿飞（也就是宇智波带土）用万花筒写轮眼控制九尾，想要摧毁木叶。这时波风水门（四代目）及时赶来击退了面具，并且封印了九尾时，封印九尾时，特意把九尾查克拉分成阴阳两半，只把其中阳性查克拉用四象封印封印在自己儿，阴性的一半以自己生命为代价使用”尸鬼封印“和自己同时封印。1.第一场战斗为水门和面具男，面具男的动作并不灵活，按Y键聚集查克拉，然后按B键施放螺旋丸即可击败他
2.第二场为三代目猿飞与九尾的战斗，战斗时主要还是利用猿飞的金箍棒，跳到九尾旁边按B键攻击即可
3.第三场战斗还是为水门和面具男，战斗过程同上，还是利用螺旋丸击败他。
转到木叶64年，由于佩恩六道的攻击，木叶忍村陷入荒废重建的状态。此时五影会谈决定选于铁之国举行，举行时佐助为了报宇智波鼬和宇智波一族的仇闯入会场欲杀团藏，不过不敌4影先后进攻受了重伤。同时阿飞出现在会场并使用时空忍术带走了佐助，并宣称自己的目的是实施月眼计划，收集所有尾兽令十尾复活，并施放无限月读以控制全人类，之后向在场的各影宣称第四次忍界大战即将开战。此后，与药师兜联手的鸢前往雨忍者村夺取了长门的轮回眼，正式挑起战争。
1.第一场战斗为鸣人与雷影的战斗，战斗难度不大，一直施放螺旋丸和螺旋手里剑即可解决掉
2.第二场战斗为鸣人与阿飞的战斗，此处的阿飞实力相比上一章有所增加，会使用时空忍术躲避伤害，不过使用3发螺旋手里剑即可干掉他
3.第三场战斗为佐助与雷影的战斗，雷影会召唤两个助手塔鲁伊和希，塔鲁伊擅长近身战，希会施放远程魔法。所以雷影战斗时最好不要近身战，在雷影聚集查克拉时施放麒麟，当雷影冲过来时使用天照攻击他即可
4.第四长战斗为佐助和我爱罗的战斗，我爱罗召唤同伴堪九郎施放的毒气比较难对付，不过我爱罗喜欢站远处施放沙子攻击，天照的速度比沙子快，所以一直使用天照即可击败他
5.第五次场为多次战斗，虽然敌人是铁之国的武士，数量也多，攻击更是不赖。好在进入战场时会有QTE提示，只要全部正确即可消灭这个房间里的全部敌人。当气血较少时，可以按LB召唤香磷来补充气血
6.第六场战斗为佐助与水影的战斗，由于水影经常会在原地聚集查克拉，然后施放熔遁术，所以只要在远处一直施放麒麟便可干掉。
五影会谈中将佐助认定为叛忍时，小樱想迷倒大家单独找佐助，但被佐井制止。几人与佐井开战，小樱趁机迷倒众人前去寻找佐助。此时的佐助正在与团藏决战，佐助使出须佐能乎完全体时候终于干掉了团藏，而此时鬼鲛接受了斑的命令前去捉拿佐助一行人没逮到的八尾，并找到了八尾人柱力奇拉比。在一番热战后雷影及时赶来，奇拉比与雷影使用了合体绝招“绝牛雷犁热刀”冲向鬼鲛，此时的鬼鲛躲在了鲛肌里，并没被杀死。这时小樱在佐助要杀香磷之前赶到。面对变化巨大的佐助，樱不寒而栗，谎说要与佐助君一起背叛木叶，正思考要给佐助一击时，佐助突然向小樱出手，被卡卡西拦下，并且命令小樱带香磷退下，治疗香磷。治疗后，偷袭佐助因下不了手反被佐助捉住，在佐助即将杀死小樱的时候，鸣人出现救下小樱。
1.第一场战斗为鸣人与宇智波鼬的战斗，此战中鼬主要为投掷手里剑和闪避动作，所以使出螺旋手里剑便可干掉他
2.第二场战斗为奇拉比与鬼鲛的战斗，奇拉比近身战时靠近敌人便可变身八尾进行攻击。当鬼鲛气血低于30%时，会与鲛肌合体，这时速度和攻击大幅上升。不过有时间限制，及时躲避即可
3.第三场战斗为小樱与佐井的战斗，小樱的普通攻击扣血十分明显，而近身时使用怪力攻击直接扣除气血30%十分暴力
4.第四场战斗为佐助与团藏的战斗，战斗方式极其简单，按照第一章麒麟的按键在本章的内就会使出须佐能乎，招式判定速度极快，所以很容易击中
5.第五场战斗为鸣人与大和的战斗，此战中大和的攻击方式也大多为普通攻击。在远处使出落线手里剑即可干掉他
6.第六场战斗为小樱与佐助的战斗，前期战斗时因为佐助的速度极快所以一不小心可能被虐，但是小樱气血低于40%时，会出现两个状态似为药物强化，按LB键使用后，使用普通攻击一招便可攻击5%气血
7.第七场战斗为鸣人与佐助的战斗，此时佐助的攻击速度并不快，所以多次使用螺旋手里剑即可。战斗过程中会岁剧情发展有一段QTE动作，判定时间还算长，所以比较容易通过。
第五回合：联军达鲁伊统领的第一部队VS断、金角（已封印）、银角（已封印）、角都（已封印）。击败金角后，猪鹿碟三人准备与被复活的角都开战。但是但是他们面对的是曾经的老师阿斯玛，阿斯玛被药师兜使用“秽土转生”之术召唤，并与自己的学生鹿丸、丁次、井野展开交战，丁次对此有所犹豫，但是井野要他回想阿斯玛的遗嘱。和阿斯玛战斗前，阿斯玛称赞三人已成长了。此战丁次振作起来，凭借自己的力量，没有借助药丸，长出了翅膀并说“我要展翅高飞”，后来丁次把查克拉聚在手里，并给阿斯玛最后一击。阿斯玛最后被封印，封印前称赞他们三人的猪鹿碟阵型是最完美的。
1.第一场战斗为塔鲁伊与金银角的战斗，去战场的路上会出现角度及大量白决，抵达金银角前需要保持40%气血以上，所以白决不用管，角度出现的时候直接干掉。与金银角战斗时，刚开始没什么特别强力的招式基础处于平砍状态，当查克拉聚集满了后会有两次施展岚遁的机会，面对金银角然后按RB键即可触发
2.第二场战斗为鹿丸与阿斯玛的战斗，由于阿斯玛只擅长近身战，所以控制鹿丸时，阿斯玛会不断冲过来，这时按键YYY+B施展影掌压之术即可击败他
3.第三场战斗为秋道丁次和阿斯玛的战斗，长出翅膀的丁次战斗力非常强，攻击时BBB+Y+B的方式即可击败阿斯玛，当阿斯玛气血低于10时会触发QTE，按键后即可击败
4.第四场战斗为秋道丁次与外道魔像的战斗，攻击方式一般为BBB的方式，当把外道魔像打至远处而施放闪电式，这时可以按RT键防御，然后按Y+A键直接冲到外道魔像前进行攻击，当外道魔像气血低于10%会触发QTE，按键后可击败。
斑，初次显身手，鸣人的螺旋丸手里剑被班吸收，斑的永恒万花筒进化为轮回眼，同时使用独有的须佐能乎，一块巨大的石头从天而降。三代土影接住从天而降的巨石，但是第二块巨石未接住，土影受重伤，总部情报部门得到消息，纲手准备前往战场，此时斑使用木遁，九尾首次帮助鸣人。三代土影回想起以前的自己从而振奋自己，总指挥四代雷影和总参谋纲手正式奔赴战场，水影同时奔赴战场，五影集结于第四部队准备与班决一死战，同时纲手再次解开额头封印。五影正式大战宇智波斑，鸣人与阿飞相遇，阿飞召唤其他六尾，这时九尾与鸣人合作重创其他六尾，并且成功击败阿飞
1.第一场战斗为纲手与宇智波斑的战斗，纲手主要攻击方式为YY+B的怪力攻击，而重要的是按键RB和LB土影风影水影雷影协助战斗才可击败斑
2.第二场战斗为纲手与须作完全体的斑战斗，此战中需要首先躲避斑的双剑挥舞攻击，然后按Y+B靠近攻击。其次斑的胸口会施放火遁术，所以也得等待火遁术结束时进行攻击，当斑的气血低于10%时会触发QTE即可击败他
3.第三场战斗为鸣人与其他六尾的人柱力战斗，此战中有攻击锁定，所以攻击时比较方便。主要为按键YYY+B施展螺旋丸攻击，每次上场为三个人柱力，每击败一位人柱力那么新的人柱力就会上场
4.第四场战斗为鸣人与其他6个尾兽战斗，攻击方式为按B键进行连环攻击，然后按键YY+B施放螺旋丸进行攻击。击败五尾后触发QTE击败击败
5.第五场战斗为九尾化的鸣人与其他六尾战斗，攻击方式为靠近然后按键Y+B施放尾兽玉即可击败敌人50%气血，然后跑至远处继续按Y键聚集查克拉，然后进行攻击。
6.第六场战斗为鸣人与阿飞的战斗，此战由于阿飞的时空忍术所以直接施放螺旋丸很难直接击中阿飞，需要按键BBB+Y+B施展普通连续攻击时然后再施放螺旋攻击，阿飞气血下降至15%时会触发QTE然后即可击败他。