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从15号避难所或新加州共和国等地找到13号避难所的位置，你终于感到胜利在望，希望立即奔赴13号避难所取得GECK，完成长老交待的任务。13号避难所的摆设与辐射一代的一模一样，真是令人怀念。连进入避难所的方法也是操纵门口的终端机。只是原来的13号避难所居民已被英克雷军掳去进行人体实验，而从英克雷军逃出来的实验用的死亡爪来到了此地。这些死亡爪是被注射FEV病毒的变种，拥有高智商(差不多人类8岁左右的智能)、和平、而且能与人类交谈(到罗瓦诺之后就会知道原因)。过着团体生活、道德标准极高。这群死亡爪都服从他们的首领甘德的命令，他们不愿与人类发生冲突，但是他们也知道他们的行踪一旦暴露，势必会引来灭族的灾难，所以避难所之内软禁着不少人类，其中不乏接受他们帮助、心存感激而不愿离去的人们。
找到GECK后，就会启发英克雷军到你的部落掳走族人的事件，村里的巫师用心灵感应的方式招你回去。要完成此地的任务，需要一个电脑语音系统，在地下掩体市第二层和新里诺西区的武器商那里都有。完成这里的任务后，还可以顺手拿到一个导航晶片，这是日后要启动三番市的那艘油轮的必需品。
在第一层和门口的死亡爪的首脑甘德谈话，他会告诉你因为第三层的主电脑出问题了，无法供应水与食物，所以他们才去新加州共和国偷牛。他也知道这个避难所内有你朝思暮想的GECK，只要你能帮他们解决问题，就可以获得他们的信任。13号避难所中有很多会说话的死亡爪和人类，由他们的谈话中，可以更清楚的知道这些死亡爪的和平作为。医护室中的医生就说他曾经故意跑到其他城市住了一个星期才回来，结果没人跟踪他，而且回来还受到热情的欢迎，让他很感动。
这里只有第二层左上方被关住的那个人有“大人类主义”思想，曾经试图杀害母兽， 但甘德还是留他活口。你看过主电脑的情况之后再来找他聊天，会发现电脑语音输入系统是被他弄坏的，实在是个很危险的人物。如果你接受他的任务帮助他逃跑，就会引发这里的战斗。
第三层左边图书馆内有个全身包的紧紧的学者革力士。他说自己正在研究死亡爪文化与人类文化的差异，对外来的你非常感兴趣。他说自己才从海岸那边过来几个月而已，也会向你说起这些死亡爪的起源是来自英克雷军的实验。根据他的说法，英克雷军抓这些13号避难所的原住民的时候，就是派遣甘德这些死亡爪，所以甘德到现在都还良心不安。你可以说服他加入队伍，带者他战斗时才会发现：他是一只死亡爪! 而且在战斗前才会把袍子用很帅的姿势掀开，像个拳击选手一样。第三层中间的补给室里有一些东西可以拿：净水晶片、战斗护甲(多的可拿去动手术)，其中的导航晶片是最后前往海上总部的必需品;GECK是玩家的最重要目标，拿到之后游戏即将进入下半部。补给室右边是母兽的孵卵室，由一只死亡爪所看守，你可以说服他让你进去。里头的母兽说现在轮到她孵蛋，以后其他的母兽也会进来生蛋。她这些蛋的父亲刚好就是首领甘德，她们与人类和平相处，但是有个人类潜入这里，试图炸死她和这些蛋，但被她发现，她立刻把炸药丢到门口(门被炸了一个洞)，保住了母子的性命。甘德还是不愿破戒杀死人类，於是把他关在第二层，孵卵室也多了一个警卫。 母兽也说到这个孵化室是一个人类朋友帮的忙，这个人类朋友还从东北的某处拿了零件来装被破坏的门。主电脑室前有个工程师吉米，会提供一些讯息。包括：13号避难所从前那个老大在一场革命中被杀、或被放逐;目前的主电脑是从钢铁兄弟会买来的等等。使用主电脑的终端机，才发现已经完全无法从键盘输入指令了。於是你打开里头的线路，发现是电脑语音系统出了问题，必须要更换。於是你把电脑语音系统装入主电脑后，成功的解决了13号避难所生存的大问题。
回去和甘德报告任务完成;如果你自己没动手拿GECK 的话，这时他也会主动给你。
拿到GECK后不久，就只有一个选择了：回阿罗由，因为部落里的巫师托梦叫你赶回去。接近阿罗由时，死亡爪队友革力士也会感应到他的族人发生危险而离队回13号避难所(此后，如果回到13号避难所之后会发现已经那里也已经成为一个空城了，重新找革力士加入之前，必须先到主电脑终端机看事情的发生经过：联邦密探一拳击毙死亡爪的首脑甘德，并把他的尸体带回去解剖，这就是游戏最后破关前要应付大家伙)。当你回到阿罗由时，发现阿罗由已经遭到重创，悬桥已经断了，无法进入村庄，在悬崖边还有一个人，那是巫师哈库林，留着最后一口气告诉你事情的经过。巫师会提示你往南方去寻找线索。