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红白机上的忍者龙剑传系列只有3部，每部作品都深受玩家喜爱，之前说了说前两部的剧情，今天来把第三部的剧情说一下，也算给红白机上的这个系列画个句号。故事一开始，前两部的主角就相继登场，但是却变成了男主角龙在追杀女主角艾琳，好像是艾琳发现了什么不得了的事，而龙负责追杀她，最后艾琳失足掉进海里。本应是恋人的一对，却因某件事反目成仇。这一开始的剧情就提起了玩家的兴趣，让玩家有了解真相的欲望，当然，对于当初不懂剧情的我们来说，真相只能是浮云。
故事正式开始后，介绍了艾琳和龙到底是干什么的，也揭开了一开始的谜底，就是有人冒充龙，杀害了艾琳嫁祸给他，而龙找到之前艾琳调查的研究所，要一查真相。
进去研究所后，龙发现这个研究所并不简单，这时突然出现一个人，还说想帮龙，让龙赶紧去“岩石城堡要塞”，要去那里的话，路途上有很多机关障碍，但以龙的身手，应该没有什么问题。
这时研究所的屏幕上出来一个人，正是第一部作品中的福斯特，并且还对龙说，如果他不死在岩石城堡的话，那不久后还会再见面的，让龙祈祷自己能活得久一点。一如既往的嚣张。
龙来到岩石城堡附近后，突然杀出来一个和自己一模一样的人，一番较量后，龙惨败收场，原来这人是他的复制人，之前对艾琳下手的人就是他，这次来和龙较量只为得到一些龙的数据，并且福斯特交代了不能杀龙，所以复制人得到了自己想要的之后大笑离去。（说是一模一样，但玩家从发型上一下就分辨出来了）
研究所出现过一次的男人再次出现，他名叫库兰西，原来他和福斯特曾经是伙伴，一起研究生化人，后来理念不同，他退出，而福斯特还在继续研究。福斯特利用邪神死后产生的次元裂缝中的生命能量，注入到人体后，就诞生了超级人类。而福斯特还在裂缝附近重修了要塞，就是所谓的岩石城堡要塞，在岩石城堡要塞中继续他的生化研究。库兰西拜托龙，一定要阻止福斯特。
龙来到了岩石城堡要塞。一方面是阻止福斯特，另外一方面就是给艾琳报仇了。
龙在岩石城堡中找到福斯特，正准备和复制体一决高下时，艾琳端着机枪出现了，原来当初坠海并没有死去，而是和军方一起调查清楚了福斯特，让福斯特赶紧投降。这时复制体变身了，并且刀枪不入，龙让艾琳退下，交给他来解决。（不管是影视还是游戏，很多反派没变身前，可以吊打主角，但是变身之后，马上就领盒饭了）
解决掉复制人后，正准备处理福斯特，但库兰西出现了，他是利用龙和艾琳，就是为了夺回岩石城堡，岩石城堡中连接生命能量的亚空间之门这时也打开了，库兰西立马去了亚空间，而福斯特准备一起跟着去，却被亚空间的力量撕成碎片。
龙让艾琳赶紧逃走，他去追库兰西。
来到亚空间，之前那个被干掉的复制人因为吸收了能量，又复活了，这次彻底解决他。
彻底解决复制人后，库兰西再次出现，这时已经大变样了，同时交代了亚空间的前因后果。
当龙好不容易再次找到库兰西时，他已经变身了，并且让龙和他一起消灭人类，然后回到地球重新繁衍（看到这里我震惊了，这特么是两个男人啊），龙当然没有答应，接下来就是决一死战。
打败库兰西后，他再次变声，这次彻底变成了一个怪物。
打倒第二个形态后，本以为已经结束了，但是库兰西再次变了一个形态出来。
第三个形态打倒后，龙从亚空间出来了，然后就是结局动画。这里不得不吐槽一下，忍龙1-3的结局，要么是看日出，要么就是日落，最后的画面相差无几，这么喜欢日吗？对不起，我问了一句废话，绝大多数男人都是喜欢的！
至此，红白机上的忍者龙剑传系列剧情就全部说完了，至于游戏中正确的时间线，分为两个说法，有人说剧情顺序就是123顺接的，也有人说剧情顺序应该是132。结合到第一部最后的剧情说要干掉福斯特，而福斯特是在第三部中挂掉的，这里更愿意相信剧情顺序是132，还有人说第三部的结局时已经明确说明了之后的剧情是第二部，但是我没留意到，不知道这说法是否正确。