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在游戏中按下“”键，屏幕左上角会出现“Command:”字样，这就是命令输入状态。命令分为主机专用命令、普通命令和隐藏命令三大种类。在游戏中按下“”键，然后输入“weapin(武器代码)”即可使用相应的武器。武器代码如下：1-飞镖、2-飞轮、3-火铳、4-双刺、5-匕首、6-剑、7-枪、8-刀、9-锤等。
如果想要无限气或使用隐藏命令，可以按下命令输入键，然后输入“ang”即可获得无限气的蝴蝶剑。同时，还可以输入其他隐藏命令以获得更多优势。
流星蝴蝶剑的作弊码可以通过按下“enter”键进入指令输入状态，并输入相应的代码来实现作弊效果。例如，“PAINKILLER”可以让你无敌，“quit”可以一步退出任务。
如果想要新增人物或NPC，可以按下命令输入键，然后输入对应的AI指令。例如，“AIdagger”可以添加一个人物，“AINPC09_02”可以添加一个指定编号的NPC。
进入游戏后按下“”键，在左上角屏幕出现“Command:”或“输入命令:”字样后，输入“weapon空格(武器代码)”可以切换武器。例如“weapon1”可以切换为飞镖。