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生化危机6游戏共有四条故事线，玩家将化身里昂与搭档海伦娜将辗转全球，寻找杀害美国总统的真凶并洗刷自己的罪名；天生免疫C病毒的杰克与雪莉一起，为了活着制作出C病毒的疫苗而不停地战斗；艾达则追寻着这一切的幕后黑手，并逐步揭开真相。艾达之前一直在给西蒙斯打工，但是渐渐地她觉得西蒙斯为人不正（正是他下令核平浣熊市，同时为了堵嘴也利用生化袭击干掉了准备公布病毒事实的总统），不是个靠得住的人，于是离开了西蒙斯，而西蒙斯很中意（爱）艾达，她的离开让这个男人很伤，于是出于某些很绅士的理由他想用C病毒克隆个艾达，众多人的DNA中只有爱慕着西蒙斯的卡拉的最对得上，卡拉以为她和西蒙斯是那么的互相信任，认为西蒙斯是不会把她怎么样的，但是她错了，于是卡拉就被改造成了假艾达。
然而无辜受难的卡拉便产生了对西蒙斯和艾达的深深的憎恨，心中悄悄生起了复仇的计划。身为美国国家安全顾问的西蒙斯其实是神秘组织“家族”的一员，该组织致力于维持他们所建立的西方世界的系统的稳定来为成员谋利。卡拉憎恨着西蒙斯，便想通过破坏家族构建的世界来实现报复计划。她的复仇悄悄开始了。
西蒙斯在东欧实验c病毒，同时发现东欧小国伊多尼亚中的年轻雇佣兵杰克・穆勒是阿尔伯特・威斯克的儿子，体内流着阿尔伯特“被诅咒的血液”而含有c病毒的抗体。
西蒙斯为了防止c病毒的疫苗研发成功，以研究血清的名义派特工雪莉・博肯前去引杰克回国，同时命令卡拉暗中确保他们成功出逃伊多尼亚。然而卡拉已经开始悄悄筹备自己的复仇计划。她在东欧利用c病毒为自己筹备人马，还打算抓走杰克以强化c病毒。
卡拉与杰克所在的小队达成交易，给他们“强化体力”的药剂，队中成员不知其阴谋给自己注射，结果除了杰克全部变成了只听命于卡拉的鬼煞。
此时雪莉赶到发现了注射病毒一段时间却没有异状的杰克，确认了他拥有抗体。雪莉告诉杰克他是拯救世界的关键，二人还没来及细说便急于躲避从杰克原先队友转变成的鬼煞的追杀，还要提防bsaa误认杰克为鬼煞的攻击。难得喘息一会的雪莉向杰克阐述了此行的目的，利用杰克的血拯救世界，而杰克也要了500万美元的酬金，尽显只认钱不认人的本性。
与此同时，察觉到东欧爆发生化病毒的克里斯・雷德菲尔德与皮尔斯・埃文斯率领BSAA小队α进入伊多尼亚作战，领取任务前克里斯告诉队员自己的队伍里所有人团结一致，没有人会被遗弃，领取任务后，克里斯还特意关照了队中菜鸟芬恩，给他鼓励。经过一番战斗和一路炸毁障碍，甚至是驱逐生化武器巨魔，小队成功穿过城市。
此时队员要通过一座桥进一步靠近任务目标，而桥上则有一名受伤的队员。此时皮尔斯作为狙击手在侧翼掩护，克里斯从桥上进攻，芬恩则去营救受伤队员，几人配合炸毁了桥上一辆坦克和一辆装甲车，杀掉大量敌人，最终得以通过大桥。
此时的杰克和雪莉继续逃离，看见了大桥上执行任务的BSAA分队，杰克说桥上还有他的雇主也就是卡拉留下的坦克，BSAA是无法通过的，雪莉则说杰克不知道BSAA的能力，他们一定能完成任务。
说着杰克和雪莉杀掉了一些挡在路上的鬼煞，潜袭结合逃跑继续逃离此地，可还没逃脱鬼煞就开始被刚登场的受卡拉命令的捕获者追捕，本以为逃出了捕获者的追踪，却又在一个大厅中遭遇他。打败捕获者后，两人进入城市遇到了作战中的BSAA小队。
克里斯认出了雪莉，雪莉也才知道他就是救过自己的克莱尔的哥哥，然而另一面的杰克略带挑衅的言语激怒了皮尔斯。可是此时不是内讧的时候，为了e小队成功抵达，α小队需要摧毁城中的三架防空火炮，还要提防巨魔生化武器的干扰。在雪莉和杰克的协助下，α小队成功掩护芬恩爆破完成任务，还协助空中力量杀死了两只巨魔。
任务成功完成，克里斯派一架直升机护送两人离开。杰克临走时克里斯觉得他很眼熟，而杰克依然挑衅的言语激怒了皮尔斯，好在克里斯再次拦下他，向他解释队伍的目的在于消灭生化武器。
在直升机上雪莉的上司，也就是西蒙斯，答应了杰克的酬金要求。杰克似乎对克里斯也感觉有些奇怪。不久，直升机一阵震动，捕获者再次出现，损坏了两人所在的直升机，情急之下两人跳上来接应的另一架飞机，在这架飞机上击毁捕获者所在的直升飞机，两人却也从飞机上掉了下去，连降落伞都被划破。
α小队继续在市内战斗，他们在市政厅里发现了大量尸蛹和冒充艾达的卡拉，卡拉解释了自己是这里的研究人员，也说到了新安布雷拉，这对与安布雷拉战斗半生的克里斯来说是一件大事。虽说她说自己是研究员，可是克里斯仍旧对她有提防，在明里派芬恩保护她的同时暗中派皮尔斯盯住他。可是卡拉仍旧算计了α小队。一同战斗一番后卡拉悄悄离队，并且把除了克里斯和皮尔斯以外的所有人变成了鬼煞。克里斯被由芬恩变成的大型狂暴鬼煞一顿暴打后头部受伤失去了记忆，两人被接应的小队救走，可克里斯却莫名失踪，落魄在附近的东欧小镇。
坠落的杰克和雪莉醒来时雪莉身受重伤，却向杰克展示了令他震惊的恢复能力。二人发现数据不见了，只好在暴风雪中搜寻数据。成功找回数据后两人找到了小屋躲避暴风雨，独处一室的两人继续谈心，雪莉讲了自己恢复能力的来源，也潜移默化的给杰克上了一堂心理课，而雪莉被实验的遭遇也拉近了两人的距离。
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