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木叶四十八年，作为宇智波斑的继承者，蒙面人阿飞（又名宇智波带土）利用万花筒写轮眼控制九尾，想要毁灭木叶。这时，波风水门（第四代之眼）及时赶来，击退了光罩，封印了九尾查克拉。在封印九尾查克拉的时候，他特意将九尾查克拉分为阴阳两部分，只封印了四象的正查克拉。封印是靠自己的，女半以自己的生命为代价，用“食尸鬼封印”与自己同时封印。1.第一场战斗是水门和蒙面人。蒙面人的动作并不灵活。按Y键收集查克拉，然后按B键施放螺旋丸来击败他。
2.第二场比赛是猿飞和九尾的战斗。主战是使用猿飞金箍棒，跳到九尾身边按B攻击
3、第三场战斗依然是水门和蒙面人之间。战斗过程和上面一样，他还是被螺旋丹打败了。
转向木叶64，由于佩恩六道的袭击，木叶忍者村陷入了荒废重建的状态。此时，五影会议决定在铁之国召开。举行时，佐助闯入会场，为宇智波鼬和宇智波一族报仇，想要杀死丹藏，但不敌四影，身受重伤。与此同时，阿飞出现在会场，使用时空忍术带走了佐助，并宣称自己的目的是实施月眼计划，收集所有尾兽复活十尾，施展无限月阅读控制全人类，然后影向在场所有人宣布第四次忍者战争即将开始。随后，鸟比联手药师堂前往雨忍村夺取了长门的轮回之眼，正式开始了战争。
1.第一场战斗是鸣人和雷影之间的战斗。战斗并不困难，连续施放螺旋丸和螺旋手里剑就可以解决
2、第二场战斗是鸣人和阿飞的战斗。这里阿飞的实力相比上一章有所提升。他会使用时空忍术来避免伤害，但他可以用3轮螺旋手里剑杀死他。
3.第三场战斗是佐助和雷影之间的战斗。雷影将召唤两名助手垂井和希美。垂井擅长近战，希美则可以施展远程魔法。所以，雷影战斗时最好不要进行近战。当雷影聚集查克拉时，施放麒麟，当雷影冲过来时，使用天照攻击他。
4.第四长的战斗是佐助和我爱罗之间的战斗。我爱罗召唤的同伴勘九郎所释放的毒气比较难对付，但我爱罗喜欢站在远处施放沙子攻击。天照的速度比沙子还快，所以总是用天照打败他
5、第五场战斗由多场战斗组成。敌人虽然是铁之国的战士，但数量众多，攻击力也不差。好在进入战场时会有QTE提示，只要全部正确，就可以消灭这个房间里的所有敌人。气血不足时，可以按LB召唤祥林，补充气血
6.第六场战斗是佐助和水影之间的战斗。由于水影经常将查克拉聚集在同一个地方，然后施展熔遁术，所以只要远距离施展麒麟就能将其杀死。
当五影在会议上认定佐助是叛徒时，小樱想要迷惑众人单独去找佐助，却被佐伊阻止。几人与佐伊开战，小樱趁机迷惑众人去找佐助。此时佐助正与团藏进行决战，佐助在几乎完美的时机利用须佐之男杀死了团藏。这时，鬼鲛接受了斑的命令，去抓捕佐助一行人没能抓到的八尾，并找到了八尾金珠瑞奇拉比。经过一番激战，雷影及时赶到，奇拉比和雷影使用组合绝招“上位雷犁热刀”向鬼鲛冲去。这时，鬼鲛躲在鲨鱼的肌肉里，没有被杀死。这时，在佐助准备杀死祥林之前，小樱就赶到了。面对变化如此之大的佐助，小樱打了个寒颤，谎称自己要和佐助君一起背叛木叶，正当她想着给佐助一击时，佐助突然向小樱开枪，却被卡卡西阻止，并命令小樱把香磷撤出来，治疗香磷。治疗结束后，偷袭佐助却因为无法出手而被佐助抓住。当佐助准备杀死小樱时，鸣人出现救下了小樱。
1.第一场战斗是鸣人和宇智波鼬之间。在这场战斗中，鼬主要使用手里剑投掷和闪避动作，因此可以使用螺旋手里剑杀死他
2. 第二场战斗是Kirabi和Kisame之间。当奇拉比在近战中接近敌人时，他可以变身为八尾并进行攻击。当鬼鲛的气血低于30%时，会与鲨鱼肌融合，速度和攻击力都会大幅提升。但有时间限制，及时闪避即可
3.第三场战斗是小樱和彩的战斗。小樱的普通攻击扣血非常明显，但是当她靠近的时候，却使用奇怪的力量，直接扣掉了30%的生命和血量，非常暴力
4.第四场战斗是佐助和团藏之间的战斗。战斗方法极其简单。根据第一章中麒麟的按钮，本章将使用须佐之男。移动判定速度极快，很容易击中
5.第五场战斗是鸣人和大和之间的战斗，这场战斗中大和的攻击大部分都是普通攻击。从远处使用手里剑杀死他
6.第六场战斗是小樱和佐助之间的战斗。战斗初期，由于佐助的速度极快，一不小心就可能会被虐。不过，当小樱的血量低于40%时，就会出现两种状态，似乎是被药物强化了。按LB键使用，普通攻击攻击5%血
7.第七场战斗是鸣人和佐助之间的战斗。此时佐助的攻击速度并不快，所以他可以多次使用螺旋手里剑。战斗过程中，剧情发展中有QTE动作，判断时间也相当长，所以比较容易通过。
第五回合：联军达鲁伊率领的第一支部队VS阿呆、金角（封印）、银角（封印）、卡库都（封印）。击败金角后，诸鹿蝶三人准备迎战复活的角都。但他们面对的却是曾经的老师阿斯玛，他被药剂师用“污土转生”之术召唤出来，与他的学生鹿丸、丁次、井野并肩作战。伊诺犹豫不决，但要求他回忆起阿斯玛的遗嘱。在与阿斯玛交手之前，阿斯玛称赞三人长大了。这一战，丁吉振作起来，凭借自己的力量，无需丹药的帮助，长出了翅膀，说道“我要展翅高飞”。随后，丁吉手中聚集查克拉，给了阿斯玛最后一击。阿斯玛最终被封印，在封印之前，他们还夸赞三人完美的猪鹿盘阵。
1.第一场战斗是塔瑞和金银角之战。前往战场的路上，会出现角度和大量的白色剑。到达金银交之前，需要保持40%以上的血量，所以白从来不关心这些。直接杀死时会出现角度。和金银交战的时候，一开始并没有特别厉害的招式。基本上是处于扁平状态。当查克拉完全聚集时，会有两次施放蓝洞的机会。面对金银交按RB键触发
2、第二场战斗是鹿丸与阿斯玛的战斗。由于阿斯玛只擅长近战，控制鹿丸时阿斯玛会不断冲过来。这时候按YYY+B施影掌压打他
3.第三场战斗是秋道丁次与阿斯玛之间的战斗。带翅膀的丁次非常强大。攻击时，可以用BBB+Y+B击败阿斯玛。当阿斯玛血量不足时，10点会触发QTE，按下按钮即可击败
4.第四场战斗是秋道丁次与外道魔像的战斗。攻击方式一般为BBB。当外道傀儡被击中较远，施展雷霆诀时，可以按RT键进行防御，然后按Y+A键直接冲到外道傀儡面前进行攻击。当外道傀儡血量低于10%时，会触发QTE，按下按钮即可将其击败。
斑，首次展露身手，鸣人的螺旋丸手里剑被坂吸收，斑的永恒万花筒进化为轮回眼，同时使用绝招须佐之男，一块巨石从天而降。第三个土影接住了从天而降的巨石，但第二个巨石却没有接住，土影受了重伤。总部情报部门得到了纲手即将奔赴战场的消息。三代土影回忆起从前的自己给自己打气，四代雷影指挥和总参谋部纲手正式奔赴战场，水影同时赶往战场，五影齐聚第四部队准备迎战。与小队决战，同时纲手再次解除了额头封印。五影正式对战宇智波斑，鸣人和阿飞相遇，阿飞召唤出了另外六尾。此时九尾配合鸣人重创其他六尾，成功击败阿飞
1.第一场战斗是纲手和宇智波斑的战斗。纲手的主要攻击方式是YY+B怪物强力攻击，最重要的是压RB和LB风影水影雷影协助战斗击败现场
2.第二场战斗是纲手和斑之间，必须完美。本场战斗需要先躲避斑的双剑挥击攻击，然后按Y+B逼近攻击。其次，斑的胸部会施放火遁，所以必须等待火遁结束才能攻击。当斑血量低于10%时，会触发QTE击败他
3.第三场战斗是鸣人和其他六尾人柱力之间的战斗。这场战斗有攻击锁定，所以攻击起来更加方便。主要是按下按钮YYY+B进行螺旋丸攻击，每次场上有3个宁楚里奇，每击败一个宁楚里奇，就会有一个新的宁楚里奇进场
4、第四场战斗是鸣人与其他6尾兽的战斗。攻击方式是按B键进行连锁攻击，然后按YY+B释放螺旋丸进行攻击。击败五尾后触发QTE
5.第五场战斗是鸣人九尾和其他六尾。攻击方式是靠近按Y+B施放尾兽玉击败敌人50%血量，然后跑到远处继续按Y键收集查克拉攻击。
6、第六场战斗是鸣人和阿飞的战斗。由于阿飞的时空忍术，螺旋丹很难直接击中阿飞。需要按BBB+Y+B进行普通连续攻击，然后施展螺旋攻击，当阿飞血量下降到15%时，会触发QTE，即可击败阿飞。