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《小小忍者》首推百变合成功能，在合成规则中，任何道具均可参与合成，任何道具都能被合成。如果在游戏中获得相应的合成配方，可以根据配方中的内容。通过背包界面中的快速合成按钮，打开合成界面，将配方需要的道具分别放入主料和辅料中，在三个合成物空位均放入指定道具后，点击合成即可成功合成配方中的指定合成物。
若是没有合成配方，亦可进行无序合成。通过背包界面中的快速合成按钮，打开合成界面，将道具分别放入主料和辅料中，在三个合成物空位均放入道具后，即可进行合成。需要注意的是，合成最终产物类别和主料一致，所以在放入合成物的时候千万不要放错。另外，放入的合成物品质越高，合出好东西的概率也越高。
通过合成系统，也可以将外套进行升级。通过背包界面中的快速合成按钮，打开合成界面，将需要升级的外套放入主料中，并在辅料中放入2个和主料一致且合成等级为0的外套，放入需要的外套后，点击合成即可升级外套。值得一提的是，合成外套是有成功率的，等级越高，成功率越低。合成失败时，作为辅料的2个0级外套消失，但是作为主料的外套并不受影响。