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捣捣塔副本是游戏中一个重要的环节，作为一款战争策略网游，捣捣塔副本为喜爱PVE的玩家设置了不同阶段需要挑战种类，捣捣塔副本难度也从简入难，当然随着副本难度的增加奖励也会越来越丰富，不仅如此，副本也是英雄获得的主要途径。副本包含普通副本和英雄关卡副本两部分，PVE副本需要按次序依次通关，才可以获得下个副本的进入资格。英雄关卡是唯一获得该英雄的通道，副本中，会自动配置数量不等的小兵兵种，玩家基地中只能已参战的英雄可以进入，小兵无法进入副本。
普通副本主要作为玩家熟悉游戏、前期获取资源的一种方式。普通副本中没有防守英雄，但是会根据副本顺序包含更多、更高等级的攻击性建筑，一步步考验玩家的智慧，增加游戏的可玩性和趣味性。
英雄关卡中，包含一到多个DOTA英雄，难度更高、收益也更高。玩家需要通过自己可参战的英雄与副本提供的兵种进行合理的组合和策略投放，打败副本中的英雄并且通关，从而解锁该关卡中的英雄，将其添加到自己的英雄营地。每个英雄关卡中小兵数量是固定的，机器考验玩家的出兵策略。
游戏PVE设置了登陆次数，在副本失败的情况下玩家可以再次进入，但连续登陆四次后系统会设置副本CD时间，玩家需要等待一段时间后才可以重新登录副本。