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掉下悬崖的9S在人形的村中醒来 粉红双胞胎告知他已昏迷了2周双胞胎说他们曾被委托管理大型设施(请见尼尔前作 他们负责管理人类灵魂保存所)
出了村子之后 在眼前的是迷之巨大建筑 只知道中间有类似电梯的设施
本想骇入建筑大门 却被挡住 建筑系统告知需要解除附单位的锁 还有认证钥匙
虽然对为何建筑的系统会告诉自己这种消息很好奇 但是9S也没有多想
到了回收场 有个巨大的设施 上面有着古老的天使文字 上面写着肉之箱
9S一路杀到了顶楼 上面有着制造机械生命武器的设施
将他破坏之后9S狠心的杀死了躺在路边的其它机器人
153:9S将资源回收的一个单位破坏了 获得了认证钥匙 但是我很担心他的心理状况
请注意不要让他与A2接触
153:以这样的状态战斗会有危险
到了下一个资源回收设施 9S继续杀上去
系统语音又出现了:妳把另一个设施的机器人都杀光了呀 努力值得嘉奖
妳一直骇进其它机械 我们为你愿意努力理解我们感到开心 我们要给你礼物
途中获得了巨大塔的数据 我大致翻译一下
本设施是以中心处理与情报化从各回收场送来的物资的设施
从256层开始把情报混浊度2300以下的物质压缩 过滤并发射还需要27分32秒
为了分解消化android们的相关数据在别的数据有记载
ヨルハ部队搭载着黑盒子的系统 这一种东西常常拿来做成机械生命的核心
因此ヨルハ部队可以说是与机械生命有一样的意识结构 会搭载此系统是因为
另外 因黑盒子暴走而敌化的机体也是有多种案例
到了塔顶 又看到相同的东西 就在9S进行骇入 想将其破坏的时候 却有点不一样...
9S:这是...我的记忆...？
站在眼前的是熟悉的2B....的资料 还有两人的回忆
9S:不要碰我的记忆!!!!这是我的至宝!!!!!! 杀了你.....!!!哈哈哈哈!!!!!!!
9S不断的用刀砍着地上的黑影 黑影褪去的是熟悉的2B的脸 但是9S已经看不见了
42:跟踪A2已经被察觉了...但..
42:看来已经开始用敌方机械生命体之间来获取情报了
42:因为资料是共有的 你那边也要注意一下
42:我也不知道 让他多休息 维护一下顺便数据检查吧..
9S:下一个回收场在哪....
双胞胎:你这几天居然只吃昆虫 连走路都很困难吧 (贝尔4ni
双胞胎:9S 你别一个人死去喔 2B也不希望这样
9S又来到了最后一个资源回收单位前 又出现了天使文字 上面写着 神之箱
9S:神...区区机器才会被那种名字给骗.... 这样说着的9S走进了门...
广播:你好 这里是塔的服务系统 有讯息要跟各位说
感谢您的关爱 解除的方法是....
以最终大奖为礼物的豪华奖品喔
9S不断的前进 在前面的又出现了熟悉的身影 自己的领航员 model 210
153:机型确认 在之前的作战中换装以21B的身分参加作战 后来失踪
就在这时从210的背后 一把熟悉的刀穿过了她的胸膛 9S: A2......
A2:温柔的人...... 2B说过 她希望你成为一个温柔的人
9S:你没资格说她说的话!!!!! 9S一刀砍向A2 脚下却地震 9S跌到了洞里
A2的背后则出现了新的敌人
42:还活着 疑问 为何背叛ヨルハ部队的A2没有问这个问题的理由
A2最后还是战胜了新的机器人 虽然其它机器人不断的对被打倒的机器人喊着哥哥
他们似乎听其它支持机的意见之后 觉得自己好像过度保护着自己的主人
两边探讨着是不是他们发展出了自我的意识 这边对话满有趣的
获得最后一个钥匙的9S终于来到了塔前 却因为大量敌人无法骇入大门
这时粉红双胞胎出现在他的面前 这是我们要赎的罪 他们牺牲自己让9S进入了塔之中
接下来花了一段颇长的篇幅介绍他们两人的故事
居然会有这么方便的路 陷阱的机率很大
9S:陷阱也无所谓 我是来杀光所有人的
挡在9S前面的是数十2B类型的机器人
9S:很好 我就杀光你们!
就在打倒最后一个2B体之后 9S却被爆炸卷入失去了意识
42告知门的大门已经打开 A2也跟着进去了
走着9S走过的路 看着地上的尸体A2也只能默默赶路
一路往上的A2却来到了类似图书馆的房间之中 翻阅着这里的资料
A2也惊讶原来他们已经侵入到月球了 这个时候一个病历上却出现了前作女主角优那的名字......
A2:过去的人类的纪录吗...这时一本书吸引了A2的注意[ヨルハ计划上的2号机型运用策略]
A2:这个资料是....!从天而降的敌人 打断了A2的思考
9S直接把旁边2B机的左手拆下来装在自己身上(不科学)
但是接上的手含有病毒 9S也渐渐受的感染
9S:这就是ヨルハ计划!？那我跟2B又是为了甚么.....
两个女生:我们是机械生命网络下诞生的虚拟人格(以下就叫幼女吧)
幼女:你是无法破坏我们的 你的攻击没有用
幼女意志:好久不见了2号 现在应该叫你A2吧 真怀念啊 对我们来说时间没有意义
幼女意志:但是我还记得你们部队全灭的时候喔 攻击部队(Attack)2号机
42:你的学习能力有问题
42:这个作战是利用中断对方的论里思考回路 让他发生演算延迟的作战
42:敌方的一定数量与一定时间存在是这个作战的必要条件
幼女意志:而外星人遗留下来的机械生命也一样想模仿人类呢 我们很像 但是 我们会赢
幼女意志1号:看来我们需要淘汰 把这个android杀掉的话会有困扰的 我们需要更进一步的进化
幼女意志2号:我不同意 他太危险了 现在就应该破坏他
幼女意志1号:质疑我意志的人就是敌人
接着9S与A2各打一片机器人 最终在塔顶会合 一起干最终boss
A2:这样下去 残存的人类DNA会被摧毁的
9S:你知道吗 ？我们是不被世界需要的 人类已经灭亡了