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《幻想水浒传3》是该系列首部3D化的作品，也是系列游戏风格转变的开始。由于村上吉隆所在期间，《幻想水浒传3》的剧本仅仅完成了前三章，所以KONAMI只能在保留前三章的情况下，重新修订了整体剧本。村上吉隆在一次接受采访时说道：“虽然游戏整体素质基本达到预期，但是世界观已经偏离了原本的设定。我相信系列还会延续下去，但是必定已经不是本人心目中的那个幻想水浒传了。”而《幻想水浒传3》发售期间，同期根本没有竞争对手能够对其构成威胁。在平稳的市场环境中，该作取得了50万套以上的销量，可以说甚至大大出乎KONAMI自己的预料。游戏有独特的三主角多视角推进游戏，因此玩家所能感觉到的世界观会有所不同，以复杂而充满变化性的视点去诠释整个故事的构架。108星的收集也仍然是游戏的乐趣之一，不同的战斗编队组合也很有战略性。本作为《幻想水浒传II》15年后的故事，由一个男人引起捷克仙与各部族的纠纷的圈套…。