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梦中回答3个问题决定初期卡组构成，又输入了我的名字、发型(- -|||)，所在城市和海马公司所在城市名称后得到了初期卡组，打开一看——天哪!怎么这么弱(= =。。。)?初期卡组由34张固定卡和6张变动卡组成，6张变动卡的取得由游戏开始前的3个问题决定，大家根据自己想要的卡来回答问题吧!
完成双六爷爷卡店的试炼+虐待了初期的可怜虫让我赚了不少KCP(建议多打城之内、杏子和貘良，争取登陆他们的资料，在后面能更方便地找到他们)，于是都拿去抽卡强化卡组，终于有个稍微能用的卡组了。继续虐待可怜虫们到LV4后，在晚上遇到了暗游戏，他提醒我说，他感觉到了危险的气息，之后离去，我本来还想虐他的说(- -b)。接着收到了海马公司寄来的邮件，通知决斗者们“晚上很危险”，靠……我就偏喜欢做夜游神，看他能怎么着!
于是，我这个夜游神晚上继续到处闲逛着。终于，久走夜路必遇鬼——我遇到了第一个黑暗决斗者——迷宫小弟，居然偷袭我!?那就是没得商量了?好呀，决斗就决斗!送上门的EXP和KCP我就收下了。
接着的几天的晚上，又连续收下了迷宫小弟几次送来的EXP和KCP后，他居然无耻地绑架了城之内可爱的妹妹——静香，看来这次不止能收礼，还能救美了(-v-)。救出静香后暗游戏再次出现，当看到迷宫小弟这个帕伽索斯岛的决斗者后，他怀疑本次大会和老帕有关。
第2天晚上迷宫兄终于也出现了，哎，可怜的孩子呀!迷宫兄败退后，暗游戏再次迟一步出现(- -|||)，再次怀疑老帕后离去。之后，在夜晚，会有暗PK和迷宫兄弟对我进行狙击。来吧，都来吧，反正都是送菜的。继续吃菜吃到LV8后的第2天一大早，我还没起床，木马就来通知我这个目前决斗者点数靠前者已经进入了明天的BC决赛阶段比赛。嗯，今天就先调整下卡组吧!
次日早上起床后，自动进入到决赛会场，刚一进场就遇到了游戏和城之内，寒暄一番后，广播通知选手集合。大家一起到达集合地点，矶野宣布此次比赛采用3战2胜MATCH制。接着，决赛阶段比赛正式开始，选手先到准备室进行准备。
准备室在右上，里面可以和杏子、静香对战;右下的是卡店，在里面绿色的人那里可以存档;上面的是木马，对话后能虐待他(- -)。
一切准备妥当后，和左边的矶野对话后正式进入会场，开始比赛。首战——准决赛对手是城之内，他的卡组依然是浮云的色子+硬币卡组，注意下真红眼黑金龙就好了。轻松战胜城之内后进入了决赛——对手是表游戏。此战需要的注意的战术是：游戏发动**，再用玩家的怪兽作祭品召唤恶魔的召唤，可以考虑在卡组里下3落穴(在第2包里抽)。
成功夺冠后，得到了1000KCP，LUCKY!但是在颁奖仪式上，矶野却发现奖品消失了(= =)，UNLUCKY!奖品居然也会丢失，真是件奇怪的事!意识到事件的离奇后，游戏也交换到了暗人格以协助我找回奖品，大家决定到街上去分头寻找可疑人员。
我连续问了2个路人都毫无线索，就这样一无所获地和暗游戏碰头了，还好，他还找到了一个线索——犯人有着一头金发!接着，再次分头行动。在又询问了1个路人后又与暗游戏碰头，从他那里得知最近商业街出现了怪人。到商业街后遇到了正在和舞姐姐吵架的傻小子——城之内，他居然因为舞的发色而怀疑犯人就是舞(OTZ，他貌似也是一头金发吧)。
结果可想而知——舞负气离去，城之内也跟着她离开了，大家再次分头行动。又去询问了1个路人后，正与暗游戏交换信息时，听到了城之内的叫声。于是，我和暗游戏急忙循声赶去。终于在一个建设中的建筑里见到了真正的犯人——原全美冠军盗贼·奇士!还等什么?直接扑杀掉他!奇士被扑杀后扬长而去，奖品依然未能找回(- -b)。
次日，海马得知奖品被盗后极度愤怒，他决定倾海马公司科技之力找出犯人。于是，一早海马就给我送来一个强化后的决斗盘，这个决斗盘可以在搜索决斗者时，显示搜索到的决斗者的等级。既然犯人能偷走奖品，那么等级就自然不低，现在利用这个决斗盘去寻找高等级的决斗者吧!
晚上，利用新决斗盘找到奇士，正要开始决斗的时候，卡片之父——帕伽索斯乱入并开始了和我的黑暗决斗。
击败老帕后夺回奖品——沉默魔术师LV4、四次元之墓、魔术师圣域。现在我的魔法使族卡组得到了相当强化，
EC胜出的第2天，收到了海马公司的邮件，邮件通知最近有个叫“古鲁斯”的猎卡集团频繁在夜间抢夺其它决斗者的卡片，警告大家在夜里最好不要外出。靠，你说不外出就不外出呀?不外出怎么发展剧情?(= =)我偏要继续做我的夜游神!
晚上在B市遇到了依茜斯，她认同了我这个EC冠军的决斗之魂，而决定将一枚神卡交给我这个实力者(- -+)，通过回答依茜斯的问题决定获得哪张神卡(结束之力——天空龙;巨大之力——巨神兵)。
这时候也得到了神卡认同的海马出现，为了决定神的归属而和我展开决斗，炮灰2号的命运果然就是被轰杀(玩家如果不小心败在了这炮灰手上也不要紧，因为炮灰注定是只能输的。所以，如果输了的话，再在地图上找到海马并做掉他就可以拿回神卡)，神卡华丽地入手!而另一张被游戏拿走，炮灰真可怜——白忙一场还一无所获XD。虽然入手了神卡，但是我肩上的担子一点也没有变轻松，反而感觉更重了，这时，某多想到了一句名言：“With great power comes great responsibility!”
入手神卡后，晚上就会有古鲁斯的成员拦路发起黑暗决斗。次日傍晚在B市找到暗游戏后，他将他对古鲁斯的调查结果告诉了我——“古鲁斯”是一个专门猎取别人稀有卡的犯罪集团，同时，我和游戏所持有的神卡更是世上只有一枚的超稀有卡，看来我们已经无须置疑地成为了他们的狙击目标。
接着，中午在B市，我遇到了一个怪里怪气的路人——拉姆，他自称是决斗初心者，可是他却能感受到我卡组中的强大力量，真想和他决斗一场，但是他却以实力悬殊为借口拒绝了我的决斗邀请。
之后在晚上打败了一个叫“稀有卡猎人” (Rハンター，此人为随机乱入)的古鲁斯成员后，操纵他的马力古利用他的身体向赶来的暗游戏传话——城之内已经被马力古**，他将会成为马力古对游戏复仇的一颗旗子，而我这个实力者自然也就妨碍到了他的计划，所以，他一定不会放过我们。怒!我一定要找出马力古的本体并灭掉他，救出城之内!
中午至傍晚这段时间里，在B市找到被**后的城之内，他口口声声叫嚣着要打败我，然后再打倒“游戏那个混蛋”。难道你就真忘了友情之绊了吗?那就让你清醒清醒吧!战胜城之内后，依然没有解除**的他就这样走了。
接着再次找到暗游戏，发现这次换成了杏子被**了!?怒呀!小马，你丫谁不好欺负，偏偏要欺负我家可爱的杏子!杏子小姐别怕哦，骑士多多来救你了!温柔地战胜杏子后，她的**被解除，暗游戏决定大家四处去找找奇怪的决斗者。目标——纹脸陷阱男——利希德!
晚上终于在B市找到了奇怪的决斗者——自称马力古的纹脸陷阱男——利希德。丫的该自称马力古!?这一点就足够扑杀你了!打倒利希德后，拉姆出现在大家面前，由于利希德的奄奄一息，拉姆——也就是真·马力古的暗人格苏醒，更扬言要毁灭这个世界，然后他挥袖离去。
这时，依茜斯叫来了暗游戏，她给我和暗游戏讲述了马力古的身世——原来马力古也是个可怜的孩子呀!不过为了拯救城之内，我也只能继续扑杀小马了!依茜斯还告诉了大家一个坏消息——最后的一张神卡还在马力古手里，看来只有我和游戏用神卡去与之抗衡了。
次日中午于B市再次找到城之内后，傍晚再找到暗游戏，暗游戏得知若战胜城之内可能会威胁到城之内的生命，于是他给了我破坏轮和自爆开关。恩，用自爆开关配合终焉の轰き里抽到的光之护封壁组卡组吧!调整好卡组后，再次找到找到城之内，开始拯救之战吧!此战只能战平!
终于，由于友情之绊的牵引，我和城之内成功达成平局，并使他恢复神智。这时，暗马力古出现，他居然敢取笑我们之前的友情之绊。接着要做的就是在B市找出影响世界安定的定时**——暗马力古并打倒他。需要注意的是最后战胜暗马力古的那回合，神卡必须在场，所以围绕神卡组合卡组吧!下面推荐3个出神卡的方法：
1， 特殊召唤。神卡可以用愚葬送进墓地后，用苏生系的卡苏生——虽然效果只有一回合。
3， 生祭召唤。同2，目的同样是增加场上祭品数，但是方法不同。这里采用凡骨+血之代价的方法，怪兽全部装备攻1900系和防2000系的普通怪兽卡，上级怪兽推荐1青眼，1迷宫壁，3未来翼龙;魔法方面下一些抽卡系卡+闪电旋涡之类的强力卡即可;陷阱方面需要采用2张血之代价，其它的大家自己斟酌吧!
用神战胜马力古后，马力古的暗人格终于消失了，表马力古出现，利希德也恢复过来了，正如依茜斯所说：“今天是我们伊修达尔家踏上新旅程的一天”， 伊修达尔家的历史翻开了新的篇章。
接下来的就是ENDING画面了，本作的ENDING相当有意思——居然在下屏安排了一个神经衰弱的小游戏!某多一边玩着小游戏，一边听着ENDING音乐，那个美呀!
由34枚固定卡和6枚变动卡组成。变动卡根据初期玩家回答问题的答案不同而有所不同。