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故事发生在织田信长死后的伊贺国，丰臣秀吉借助西洋人的力量，势力正如日中天，日本国内的大名纷纷联合起来，以保全各自的家族势力。而从小就立志成为一名忍者的主人公美少女日奈，这一天终于忍不住向父母告别，来到了伊贺，拜明星人物天心小姐为师，开始了忍者的艰苦修炼……半年后的一天，天心正传授日奈学习隐身术，突然加乃前来传信，立即到冈崎的服部半藏大人处，有新的任务指派。问过一村民后往东北方向经过大安村来到了尾张城，遇见黑市商人黑铁买到一些特殊的物品，然后继续往北到达了冈崎，刚一进村就遇见了下忍，没来得及说上几句就掉进了陷阱，看来要见到主人半藏还得接受一番考验。好在地道中并无怪物，只有一个很简单的机关，只要小心一步一步走，很容易就可以通过。见到半藏大人后，他关心的问天心一年来的生活，原来天心曾是半藏手下的忍者，一时负气出走，许久没见两人叙旧一番。之后又陆续见到替父传信的小京，同样也前来接受任务的加乃和她新收的徒弟伊夜。似乎半藏大人的任务还很有些难度，雇佣了这么多的人手，仍然不放心，还得让日奈和伊夜这两位新手参加一场测试，只有通过了才有资格做为忍者接受任务，没办法只好去此处东边凤来寺里的洞窟中取回一份卷轴。而天
心和加乃两位师傅则要等她们回来再商议具体的任务。
此时两人的等级都很低，凤来寺里面的敌人根本打不过，建议先在冈崎城外多练功升级，如果血不够了可以很方便的进城内的客栈睡一觉，除技力外，其他各项全加满，技力是每普通进攻敌人一次，就增加一些。也可到凤来寺山东边的滨名湖温泉附近练功，损血后进温泉一泡，体力、技力、术力全加满！之后，到离冈崎西边的修行山，只要多备好补血道具，把“地狱炎罗”学会更好，到游戏后期也是经常用到的技法。等级大概达到6级以上后就可以进凤来寺了，走法：进去后→拐一个ㄇ型的弯→一直走可以看见一个地藏菩萨的石像（此处存档）→先往左边拿松茸再往上走（地藏石像隔壁那条路），→进入后→直往右上的方向走→到达一个有湖水的地方→开启宝箱后得到卷轴→再与此处的BOSS妖鬼王、妖鬼后交战。
回到半藏大人家后，终于接到了正式的任务，原来半藏的主公德川家康欲与土佐的大名，长宗日奈部接为同盟，由日奈和天心负责调查他们的真实意愿，而加乃和伊夜则去大坂监视丰臣秀吉的行动。于是大家开始各自的行动任务。出城后往西经过津港，再行至小京家，得知要到达长宗日奈部的首府冈丰必须从这里往北走→过桥后通过北边的山路→到达葛城村后继续向北→到达界港→座船前往四国的小岛村，上岸后往南→越过剑山即到。而她因为正研制出新式火枪“破头火”，即将开战而不能同行。
当行至界港时，日奈解救被人当普通狸猫关在笼子里面的凌尔路义行，他会使用变身法术。在城中的最右上方又遇见了黑铁，注意及时补充高级物品，在黑铁的身旁有NPC昆塔欧雷加入，将他编入队伍可以帮助消灭敌人，而且不需要你给他加血。
经过小松岛越过剑山（选第三条岔路）后到达物部村，村的右上角又有NPC：一排地藏菩萨，与从右数第三个对话，他们就会加入到队伍了！
物部村西北不远就到达冈丰村，进城后天心建议大家分头行动，收集到情报后然而如果身穿忍者服或武士服，是不会得到任何情报的，要用村女装和武士服分别与全部村民对话一次，最后再回到城中最上面，过桥后和士兵对话，便可以得到消息：元亲城主现在正率军攻打被河野家抢回的汤筑城。游戏中服装的更换可按F4键，调出装备列表，其中人像右方即可看到，共有三种服装在不同的场合更换。回到会合地点，大家移至客栈详细商议。
大家决定当晚就潜入元亲大人府，先看看究竟，结果偷听到两个家臣的谈话，他们议论元亲城主最近很不对劲，好象被什么东西控制住了意志似的。正在这时，大家只听得里面一阵怪叫，大喊有鬼，冲进去豢丛
出城后往西南方走，来到一处密林，门口有两个卫兵把守，硬闯进去后即可看见大片的军帐，但这里的防守十分严密，只好先退出来再做打算。经过一番调查，发现从军帐左侧向上走到最顶，然后向右是有通路的（极不容易发现）。顺路来到了军帐里面，竟然发现有个异国人正对元亲大人大施邪术，控制其意志。将打败他后，元亲大人也醒来，得知那人叫赛西欧是个传教士，而元亲大人竟还不知曾被人操纵。大家急于将这一消息告知半藏知道，幸好狸猫大哥凌尔路义行知道有一条捷径：可由此向东走有座坂山，山里有个可直通和泉一带的洞窟，通过洞窟到达对岸的淡轮村，这样就不用坐船了。
穿过山洞，看见前面有个村庄，奇怪得是许多村人全聚集在外面，走进人群一打听才知道该村南边纪之川下游的太田城里，秀吉军刚与杂贺忍者军大战一场，忍者军大败。大家一听，都非常担心小京的安危，于是一起来到太田城。
城内边地水渍一片狼籍，上二楼的最左侧的房间，见到了倒在血泊中的杂贺孙一，得知小京在楼上，上到三楼最右侧的一间房间，却只看到小京那把特制的火枪，这时走出来一个中年男子（塞西欧）说小京已被他收拾，天心拔刀冲过去却被他一掌打倒，然后又召唤出两个怪兽将众人缠住。待大家除掉怪兽后，塞西欧已经逃走。经过一番商议，大家决定还是先回冈崎。
从太田城出来后，越过饭盛山，然后往右到达津港，坐船来到常滑，继续往右走到头，终于又回到了冈崎。
向半藏大人报告了此次任务的调查结果，半藏不允许大家再有任何的私自行动，伙伴们只好回到了天心的家伊贺之里。回来后，天心一直都放心不下小京的安危，一天终于决定以个人的身份前往大坂，打探小京的下落，日奈甘愿被撤消忍者的称号也要加入。天心劝不过，只好答应。
天心建议往天守阁探探，去秀吉最可能出现的地方，说不定会遇上执行另一任务的加乃她们。一行人来到丰臣秀吉的首府大坂，让狸猫大哥变成秀吉家的大臣混了进去。
没料到在府内虽然遇见了加乃和伊夜，但也遇见了塞西欧、和一个武功奇高的年轻武士（四郎），尽管人数众多却不是敌手，这时四郎又使出他威力巨大的最后一击！关键时刻，天心和加乃表现出师傅的护爱之情，坚定地留下来阻挡敌人，却把日奈、伊夜、狸猫传送到淀川河畔。随后，加乃也赶到会合，告诉大家天心没有能够逃出来，但那些异国人好象会去九州，说完还交给日奈一个护身符，说是在战斗时捡到的，并让大家立即回到半藏大人处，将事情的经过原原本本的汇报，然后就离去。师傅离开后，伊夜却作主说到京都现在的异国人最多，调查要紧，日奈也很担心师傅天心的下落，于是大家决定去京都。