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《索尼克大冒险2》是有多个关卡可以让玩家闯关的游戏。在游戏中玩家会在平行世界进行冒险，此游戏还有两种不同的线路剧情可以让玩家通过，游戏还可以通过五个不同的关卡，前去完成任务哦！本作主角所在的星球同样是前作索尼克大冒险中索尼克等人居住的平行世界地球上。事情发生在前作中艾格曼艾格曼博士的计划又一次被索尼克粉碎后，偶然发现了曾祖父杰拉德博士的日记，并发现了究极生命体暗影的存在。
艾格曼冲进了军队基地并唤醒了暗影，醒来的暗影似乎对世界有着深深地仇恨，他告诉艾格曼想要控制整个星球，必须利用早在50年前被关闭的宇宙殖民地ARK的星蚀大炮的力量，然而因此也需要七颗混沌翡翠的力量作为力量供应。
为了征服世界的计划，艾格曼和暗影还有蝙蝠寻宝者露姬（其实是政府派来调查艾格曼的间谍）一起开始了寻找翡翠的旅程。
另一方面，由于暗影觉醒时当场击毁了一架防御机器人，政府因暗影和索尼克惊人相似的相貌而追捕索尼克，索尼克当然不甘就这么坐在监狱岛里，在老朋友塔尔斯和艾咪的帮助下脱离了监狱岛，并寻找着阻止幕后黑手艾格曼的计划的方法。
2P模式中也有赛车竞赛，GameCube端的《索尼克大冒险2：战斗》中还增设查欧空手道和随机模式。在2P模式中也有需解锁的角色，为艾咪·罗斯、金属索尼克、蒂卡尔、卡奥斯0、一只查欧和胖猫比克/黑暗查欧。
2P模式的另一特色是服装。DC中完成角色专属任务可解锁来自《梦幻之星》系列的服装。DC中还有季节性服装，于10月31日和12月25日可获得；GC版也有不同服装。完成所有角色专属任务后可获得一个大大的“A”。
1、速度感的同时，加入了许多新动作，新游戏方式，评分系统，让可玩度大大增加；
2、本作强调Hero和Dark竞争，以速度过关的Sonic、Shadow；
6、玩家将扮演Hero角色和Dark角色进行两种线路的剧情游戏，在游戏过程中，剧情会不断相互交织，对战，并以这交织的剧情让玩家更加深入地理解故事。