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继此前给大家带来《零Zero》故事剧情后，这次我们继续来说说关于零系列的第二部作品，同时也是国内玩家接触最多的一部作品《零红蝶》的游戏剧情故事。现世与黄泉有着许多的连接，冰室家宅地下的黄泉之门仅是其中之一，在远郊的山野里藏着一座名为“皆神村”的古老村落，在皆神村的地下有着一个直通黄泉的空洞，名之为“虚”，“虚”是连接黄泉与人间的入口，其中有着来自黄泉的“暗”想要喷涌而在不时引发着虚的鸣动，为了镇压虚的爆发，皆神村在很久很久以前就延续流传了一个关于红蝶的传说，还有一个名为“红赘祭”的祭祀仪式，而故事也是从此开始。
在零的故事中，残忍的祭祀行为并非出于愚昧与无知，而是苦涩的选择。不知是否因为受到黄泉影响，在皆神村这个村子里经常会诞下双胞胎孩子，为了镇压地下空洞深处的虚，每当镇压的力量减弱，皆神村就会祭以双子举行红赘祭仪式，在这个仪式中兄弟/姐妹中的哥哥、姐姐需要亲手掐死双胞胎弟弟、妹妹（根据古老传统，双胞胎中先出生的是妹妹，后出生的是姐姐）。据说双子之所以面孔相同是因为他们本来就是一个人，而却被分开生出的缘故，而当双子中的一人杀死另一人，两人的灵魂融合为一的时候会释放出镇压封印的强大力量...
与黄泉相系的家族总是面对着黑暗的宿命，皆神村的村长黑泽良宽就一生就活在这样的诅咒中，在黑泽良宽幼年的时候，因为虚的封印减弱，村子需要举行红赘祭，而当时的他与他的弟弟正是红赘祭所需的双子。即便黑泽家是村子里的大家，但也不会免去祭祀的责任，黑泽良宽亲手杀死了自己的弟弟，祭祀成功了，来自黄泉的涌动被镇压，虚的鸣动停息了。“杀死一个无辜的人，拯救更多的人，这样做值得么？”对于黑泽良宽来说这是一件苦涩而又必须选择的事，仅仅是数十年后，成年的黑泽当上了村长，并且生下了一对可爱的女儿——双胞胎。
如同一个恶趣味的玩笑，眼见着女儿逐渐长大，深埋于地下的虚再次开始了鸣动...这似乎是渴求祭品的低语，黑泽家的悲剧将由此延续。
当虚的鸣动响起，皆神村的人们立即着手开始了红赘祭的准备，虽然黑泽家的双子符合祭祀的要求，但同样符合要求的还有立花家的两个孩子：哥哥立花树月、弟弟立花千岁。这对双胞胎兄弟比黑泽家的姐妹要早一年出生，因此成为了这一次红赘祭的人选。直到仪式举行到最后一步为止一切都还很顺利，就像数百年来重复过无数次的祭祀一样。然而这对感情深厚而又性格善良的兄弟与黑泽良宽是不同的，立花树月面对弟弟无法动手，面对虚的鸣动，祭司动手杀死了立花千岁，并将他的尸体抛进了通往虚的深洞，然而祭祀并未成功，封印没有得到加固。不过相较冰室家的高风险祭祀仪式来说，皆神村的祭祀更加完善，曾经也不是没有过立花兄弟这样的情况，或者双子逃跑的情况发生，即便第一次祭祀失败，只要举行一场祭祀外村人的阴祭来争取下一次的红赘祭的机会就还能避免灾难发生！（冰室家的祭祀需要花10年时间培养一名巫女，需要自愿献祭，风险大且没有应急预案）。
立花树月在没有完成红赘祭的情况下被当做罪人，但没有受到很严厉的处罚，知道自己和弟弟仪式的失败意味着黑泽姐妹将成为新的祭品，他向自己儿时的好友“宗方良藏”（前篇故事有提到这名角色，结合此前的Zero故事阅读体验更佳）写了一封信，希望他能在下一次仪式举行之前来皆神村“接走”黑泽姐妹。
在零的故事里，民俗学者总是没有一个好结局，而“真壁清次郎”这位民俗学者就是其中一个。真壁清次郎是一个研究日本传统文化的民俗学者，一生写作了80多本关于各地的民俗故事记载，他对于长年以来流传于各地的”黄泉“传说和各种祭祀仪式感兴趣，因此在从自己的年轻助手宗方良藏那里得知了关于他童年时在皆神村了解到的一些见闻，以及他想要去皆神村的想法后，表示同意，并且一同前往拜访。他从自己的好友“麻生邦彦博士”（他的故事本篇不会涉及）那里借用了能拍摄灵魂的试做型摄影机，想要用它来记关于红赘祭的资料。
由于前往皆神村的时间被大大提前，当真壁清次郎带着宗方良藏前往皆神村的时候，正是立花兄弟的仪式失败，皆神村民准备着阴祭正愁没祭品的时候。因此真壁清次郎在来到皆神村后受到了黑泽村长的隆重欢迎，并且对于他在村子中的民俗调查也是不做阻拦。
随着调查的深入，真壁清次郎渐渐发现了关于阴祭的端倪，感到危险的他让自己的助手先离开这里。宗方良藏在离开前给好友立花树月留下了会在约定时间到来的时候回来接黑泽姐妹的承诺。
而当宗方良藏离开后，真壁清次郎很快被皆神村的人给抓住，关押进了牢房，等待着被作为祭品“楔”来举行阴祭。在牢房中的宗方良藏了解到自己即将成为阴祭的祭品这一事实后，虽然恐惧死亡，但是超越恐惧的是能亲身体验到祭祀，能亲眼看到黄泉之门的满足感，这让他感到莫名欢愉，甚至没有了逃离皆神村的想法，反而在人生最后的一段时间里还在研究和记录关于仪式的一些东西。
最终真壁清次郎在被吊挂着进行了千刀万剐的“削身”仪式后作为“楔”暂时镇压了来自黄泉的鸣动。
在举行阴祭后一年，黑泽家的双子姐妹：姐姐黑泽八重、妹妹黑泽纱重将作为祭品再次举行红赘祭。对于黑泽家姐妹，心地善良的立花树月在仪式到来前给与了她们最后的帮助，让她们有机会从皆神村逃跑，逃离这世代的诅咒。
实际上对于弟弟的死立花树月一直无法释怀，因此在完成了兄弟二人间的约定“不让双子祭祀的悲剧再次发生”，当得知姐妹从村子里逃出去之后，早有寻死之心的他上吊自杀了。
黑泽姐妹两人趁夜逃离皆神村的过程中受到了村民的追捕，在逃跑过程中妹妹纱重失足滚下山坡，被追寻而来的村民抓到，而当八重发现身后的妹妹不知在什么时候跟丢了的时候试着回头寻找她，然而在本来就迷路的情况下怎么也找不到她，等到她找到村子入口的时候，皆神村已经“消失”了。接连经受打击的黑泽八重的精神在这一刻崩溃，或许是为了保护自己，这段记忆被她埋藏遗忘，不知为何悲伤的她跪坐在村子入口的地方哭泣，被应约循迹而来的宗方良藏发现，两人离开了这里，再也没有回来...（宗方良藏和黑泽八重后来结为了夫妻，他们是雏咲深红的外曾祖父母，相关内容可以在前篇的Zero故事中了解）。
另一边纱重在久久等不到八重的的情况下，逐渐失去了希望，而当被带回到村子里，看到帮助自己还有姐姐逃走的立花树月悬挂着的尸体的时候痛苦不已，因此放弃了生的念头，同意了在只有一人的情况下进行红赘祭。
最终，黑泽纱重被吊死，并被投入了虚的深洞中。
立花兄弟仪式的失败证明了没有按照正常方式进行的仪式会失败，而黑泽纱重这一次的仪式显然也不会成功，甚至因为种种际遇交杂在一起还引发了更大的，名为“大偿”的灾厄。当纱重的尸体被投入虚中后仪式失败，虚中的“暗”从涌了出来，而刚刚死去的纱重因为绝望与怨恨而化作了怨灵，同时在死前经受痛苦的真壁清次郎也是化作了怨灵。在黑暗不断吞噬笼罩村子的过程中，他们将皆神村的村民也一一杀死。
而当黑暗彻底笼罩皆神村，这个村子也是从世上神隐，因此八重无法找到回去村子的方法。
到此为止，这是红蝶故事的源来，而在下篇故事中，我们真正的主角，天苍零、天苍茧姐妹将正式登场，她们与这皆神村是如何发生交集，为何在时隔多年之后她们会误入皆神村？这些都将一一道叙。