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——由于“全球变暖泛滥”Global Warming Epidemic所导致的海平面升高致使量的洪水与海啸，并且导致大型大型沿海城市的淹没和终结。人类不得不放弃沿海聚居点而转向内陆迁徙。——在双重的压力之下，人类社会被迫进行联合重组，“地球政府”（Earth Government）这一首个全人类性质的政权诞生了。地球防卫军（Earth Defense Force）被组建，世界被划分为8个大区以便治理。
——主题主要记述Michael Altman（迈克尔 阿尔特曼）发现原版神印（即Black Marker）并与神印发生精神连接发现其目的是通过人类的灭亡来达到其大融合的目的。于是阿尔特曼与其打成协议，创造出黑色神印的后代。但是由于还未完全记录数据就被杀害。造成之后的对神印的不完全复制。虽然黑色神印停止发射辐射信号来停止第一次尸变体爆发狂潮，但是被利用的阿尔特曼成为了统一教出现的“始祖”。
——与此同时地球政府使用阿尔特曼的记忆信息进行了对黑色神印的复制，并且最终制成了Red Marker导致又一场尸变体的报复。而政府在无法控制的情况下将其封锁在了天鹅座Aegis星系的Aegis VII星球上。
——由于资源的极度缺乏，在新任政府的大力扶持下，Concordance Extraction Corporation“国有企业”建立起来，人类正式迈入了深空殖民的步伐。
——发生于未来三百年后，人类正试图利用来自于数世纪前发现的外星造物——黑色信标的危险科技，希望借此化解由资源匮乏威胁整个人类生存的危机。
——在这稍早之前，信标的威胁已经初现端倪，甚至被刻意隐藏，除非寻获它所不遗余力追寻着的触媒。兄弟二人，一个有着特殊但缺损的心智，另一个永远被替他摆不平的麻烦所困扰。在这紧要关头二人的轨迹与地球政府和信标交汇，并永久的改变了信标爆发的进程。
——在因为掌握资料不完全的情况下采取了逆向工程复制技术导致制造出来的Red Marker是一个失败的工程复制品并且将其藏匿封锁于Aegis System（天鹅座伊吉斯星系）的Aegis VII星球上。
——统一教得知Aegis VII上的Red Marker派遣USG Ishimura（石村号，名字起源于殉道者逃跑的石村秀夫博士-行星裂解技术先行者 罗马音Hideki Ishimura发音挺像秀喜的→_→）前往Aegis VII进行所谓的采矿作业，实则是回收Red Marker。
——由于神印的发现并被开采出土，使统一教的教徒前往围观。在神印强大的精神控制力场的作用下，导致Aegis Colony（伊吉斯殖民地）从暴力冲突不断演变并且升级到杀人事件，石村号保安队总长爱丽莎 文森特（Anice Vincent）曾警告过石村号舰长马修斯（Matthews）这些暴力冲突、杀人事件一定与那个挖出来的“废物”有关系。但何曾想到舰长也是统一教的信徒。
——红色神印与殖民地的尸体产生聚合导致主要感染源出现并且血洗殖民地，文森特请求派队到殖民地了解情况并且救援的提议被舰长否决。与此同时，殖民地的一个感染源生物进入了某地理工程学家的飞艇并且强行降落到石村号。
——由于感染源的进入导致石村号沦陷，仅仅数小时石村号便灾祸连生。在凯恩博士（Dr.Kyne）的认真思考下知道事件的真相。由于于舰长在争执的情况下使用注射器刺入眼睛导致舰长死亡。之后便去主控电脑机房关闭石村号动力系统不允许其返回地球。
——安保队总长和其搭档在营救完幸存者后只身阻止凯恩博士，队友死亡。虽然稳定了系统但是由于舰桥指挥部的陷落所以录制下摧毁石村号和神印的留言求救信标自杀，投身于无尽的宇宙深处。CEC（Concordance Extraction Corporation）收到其求救信标后派遣USG Kellion（凯利昂号，即艾萨克所乘坐的维修飞船）
——经过两百年的发展，统一教已经发展成为全球最大的教派，各行各业都有统一教的信徒，并且在CEC高层也有其教徒。其会员制度也非常神秘，每一级的会员对组织的了解也不一样。这样的一个教会，实力已经大到可以和当时的地球政府对抗。
——Red Marker在人类的的殖民地神盾七号上被发现。在殖民地上的教徒为之兴奋的同时，奇怪的事情开始发生，大量的人们开始失眠，情绪不正常，暴力事件也经常发生。
——阿巴哈姆.纽曼（Abraham Neumann）是殖民地的保安队成员，他与妻子都不是教徒，对于教徒的行为完全无法理解。在原因不明的暴力事件接二连三的发生后，他们试图向殖民地的负责人提出质疑，但殖民地政府未予理睬。实际上，殖民地长官安苏西亚也是一名教徒，发现信标后他第一时间通知的不是地球政府，而是统一教高层。
——但是由于神印的发掘出土，导致教徒精神混乱，之后就发生了教徒集体自杀事件。接着，圣物将会被运往地球，而负责运输任务的就是“石村号”。石村号舰长、首席研究博士凯恩以及大量工作人员都是统一教教徒。
——事态往严重化发展，医院已经人满为患，由于不明生物的出现与繁殖，整个殖民地陷入一片混乱。石村号却向殖民地发送信息，不允许任何飞船随意接近。纽曼的妻子发现信标上的文字师傅表示了某种DNA信息，并初步分析出了这种生物的繁殖方式，不过可惜的是，她在逃离殖民地的过程中不慎死亡，纽曼趁自己还活着，赶紧用录像说明了殖民地上发生的一切，并呼吁政府使用核武器炸掉整个殖民地。
——录像的最后，纽曼慢慢地走出屏幕，并留下一句话：不要找我，你们找不到我的。在石村号到来前，殖民地人民度过了绝望而恐怖的十二个小时。
——神盾七号的住民开始异常，麦克利尔（Nathan McNeill，殖民地的**）和盖伯 维勒(Gabriel Weller)（殖民地保全人员）开始调查住民暴乱，但发现事情无法控制。
——神盾七号开始出现异变怪物，他们救出了幸存的莱克欣(Lexine Murdoch)以及沃伦 埃克哈特(Warren Eckhardt)。四人为幸存而战，最后成功摆脱了The Have Mind（死亡空间1代Boss），并成功登陆石村号。
——他们原本是想到石村号上避难，但是最后发现石村号上的情况甚至比殖民地更加严重。麦克利尔等人被护卫队捕获，被送去了医护室，遇到了妮可 布伦南(Nicole Brennan）。4人带着妮可进行逃亡，而妮可在医务室选择留下帮助需要帮助的人。
——石村号上的医疗人员在逃亡过程中救了莱克欣，并和麦克利尔等人一起逃亡，但由于揭穿了沃伦的统一教徒身份而被其杀死。维勒和沃伦前往逃生舱，维勒发现沃伦的秘密（统一教教徒！），被其枪击。之后沃伦被突然出现的怪物杀死。
——而另外一方面，麦克利尔和莱克欣看见了妮可最终的影像留言。
——而为了让逃生船成功发射，麦克利尔独自前往石村号外舱，和巨型怪物战斗（死亡空间1代用ADS炮赶走的怪物），最后自断一臂。但麦克利尔还是因为受到圣物的影响，在逃生飞船（USG Ish403）上变异成镰刀怪，被莱克欣枪杀。
——四人中仅存的莱克欣向接近的凯利昂号（USG kellion，艾萨克来到石村号时乘坐的小型飞船）发出“不要接近”的警告，不过显然对方没有收到这条信息。
前言：本攻略注重收集元素，单机任务部分的道具计226个，无一遗漏，占总完成度的93.8%，玩家只须照着流程打就行，不必担心漏掉什么。
收集的道具只限于单机部分，第四、十一和十四章有连线合作任务，单机部分是拿不到100%完成度的，不必因此纠结。
进入游戏，如果此前玩过《质量效应3》的话，EA会赠送一套N7防护服给你，可以在防护服站选用。关卡开始，扮演的是士兵提姆，在风雪弥漫的星球上寻找什么东西，通讯里的塞拉诺博士对那东西讳莫如深，显然不想让他知道。
按B键使用定位机，看到规划好的路径点，沿着路线行进，注意路左发光的东西，拾取地球政府（人工制品1）。往前走到山崖看到坠落的空间站，踢碎箱子拾取弹药，子弹上膛，射击舱门。上前开门遇到两只僵尸，杀掉他们接到塞拉诺的提示，要找的是半米长的圆柱体。
进入空间站杀掉更多的僵尸，爬竖梯进到驾驶舱，从操作面板上拾取译码器。这时空间站发生倾覆，提姆用绳索挂在上面，沿着山坡往下逃。按Shift键是在索降时跳跃，然后在山坡滑落，按A和D键来躲避坠落的杂物，一直落至山脚。
尸体遍阵的营地里，提姆遇到了马哈德将军。将军夺过译码器并将提姆一枪暴头，删除掉译码器里所有的资料，随后饮弹自尽。
200年后的新视界月球殖民地，公寓里的艾萨克·克拉克听取一段电话录音，艾莉说他们已经分道扬镳，此后多加保重。艾萨克闻之很是沮丧，此时两名全副武装的人冲进房间，其中的长官说艾莉身处危险之中，需要他去解救前女友。
拾取医疗瓶，按Q键可以使用它。在桌上调查音频记录（音频日志1），房东在摧房租。调查床铺上的文字记录（音频日志2），是艾萨克的日志，里面写了和艾莉分开的原因。
来到外面的庭院，那名长官说他们是地球政府军，他是罗伯特·诺顿船长，旁边的是约翰·卡沃尔中士。推门到街道遇到统一教的教徒，接近右边的汽车，结果被狂热的教徒引爆，艾萨克坠落到地下洞穴里。迅速拾取弹药，躲避敌人投掷的手雷，射杀里面的敌兵。诺顿船长说，这些统一教徒是奔着艾萨克来的。
往前上斜坡爬竖梯进屋子，诺顿说艾萨克曾摧毁过神印，干扰了统一教的什么末日预言，现在他得尽快与诺顿会合。收集完弹药出屋，一名妇女被枪杀于街道上，消灭后面的两名教徒。
往前是一条高速公路，飞驶的车辆是自动驾驶的，这里要利用静滞能力制造交通事故，按住鼠标右键+C键。往左从地上拾取地球政府（人工制品1）。爬竖梯过天桥，踢碎箱子拿医疗瓶，然后进到竖梯旁的门。
进到大厅看到很多尸体，这根本不是一场追捕，而是系统性的屠杀。后面的墙上有多只箱子，打开拾取道具。乘电梯到上层，被统一教徒所俘，教主丹尼克说一直都在找艾萨克，当着他的面炸掉了前方的神印实验室。他们统一教崇拜神印，认为这种实验是对神的不敬。艾萨克躲避丹尼克的枪袭，从井道坠落到下层的办公室。
解决掉面前的两只僵尸，收集弹药和药瓶。进到下间办公室，解决另两只僵尸，搜刮完东西乘电梯下去。出电梯看到前方的卷帘门封住，往右边的办公桌拾取统一教圣物（人工制品2）。来到街道，往右进到礼品店，穿出去是条商业街，清理几只变异僵尸下到地铁站，进到售票室旁边的电梯。
来到站台，看到正前方是出口，正中是旋转轨道，左侧是列车头，右侧是车厢。这里要利用念力将左侧的列车头拖到中央的旋转轨道上去，再将列车头推进前方的隧道。然后将右侧的车厢拖上旋转轨道，再将车厢与列车头联接。
由车尾进入车厢，和诺顿船长联络，然后沿列车顶部前行，消灭赶来的统一教徒，跳上接应的尤多拉号。
醒来身在尤多拉号的寝室，卡沃尔正在端详儿子的照片，说是丹尼克杀死了妻子和儿子，艾萨克对他之前的救援表示感谢，然后要去舰桥见诺顿船长。先收集一下弹药和治疗瓶，在桌子上有一段音频记录（音频日志1）。
离开寝室穿过走廊，下楼梯右转进门。前方有两条走廊，先往右边的走廊收集弹药和地球政府（人工制品1），再走左边的走廊进到舰桥。
诺顿船长指挥尤多拉号穿越空间跳跃点，来到那颗艾莉失踪的星球，这里如同一座飞船的坟场，到处飘浮着垃圾残骸。这时，罗森说接收到洛亚诺克号的求救信号，可能是艾莉。航行的时候遭到空雷的袭击，离开舰桥在走廊里遇到诺顿试图打开一道舱门，被外面的货箱给顶住了。沿走廊继续走，穿上太空防护服。
来到飞船的尾部，用念力移开箱子两端的夹钳，飞身上去释放逃生舱离开尤多拉号。高速飞在太空中，追随前方的逃生舱，躲避空中密布的飞船残骸，同时开枪射爆迎面而来的那些空雷。
考古行动的科学家ALTMAN在研究该项古物后
突然认为受到了上帝感招 创立了科学教派统一教(不过玩得还是永生上天堂之类的把戏吧)
考古行动无疾而终 统一教的先知ALTMAN意外死亡 相传是由当时的地球政府设计杀害
甚至当时地球上两个最大的经济与投资机构便是相传由统一教所拥有
而是统一教高层 原来此人也是统一教的一员
而"上天堂"前教徒要先捨弃自己的生命 如此才能让信标发出来的能量让尸体转化
如此才会发生漫画中大规模的自杀事件 并造成殖民地的混乱与毁灭
到这裡大家也可以猜出来石村号到殖民地的目的不是只著眼于经济利益
在殖民地毁灭之前 信标与一船的尸体都被移到石村号上
竟然还有其他的力量再阻止人们把信标带离星球?
在信标被挖掘出来后
幻象不停的警告人们一个讯息"把信标带离星球太危险了，快把信标归还星球"
这时幻象也影响到了石村号上的人员
就是用死去的亲人AMELIA作为形象来警告他
最后在DR.DYNE的协助下主角终于把信标装上太空梭 要将信标归还时
在实验结束后原本所有的东西都应该被掩埋
却因为一次开採活动让统一教有可趁之机
更利用石村号星球破坏的时机 唤醒潜藏在AEGIS底下的HIVE MIND(简单来说就是可以号令异型生物的老大)
却遭HIVE MIND反将一军 用逃生艇攻陷军舰
看到这裡玩家大概也明白了
为什麽妻子NICOLE说得所有话 所有的指令最后都会加一句"MAKE US WHOLE AGAIN"
原来NICOLE也是由HIVE MIND所製造出来夺回信标的幻象 如同AMELIA之于DR.DYNE一般 玩家也可以注意到最后只要主角接近到萤幕就会出现强烈讯号干扰的现象
不过这颗棋子最后也反将HIVE MIND一军
这麽大又粗又长(阿~~~思~~~~)的一条都打不死他 真神人也
幻象是由异形老大HIVEMIND(就最后那一条又粗又长的那个)所製造出来警告人们与指使人们送回信标的
而黑人指挥官应该也是有自己的弱点
游戏过程她也不断的宣称自己看到诡异的景象
她应该有反制 HIVEMIND心灵操控的影响力的方法
而政府的实验应该算成功吧