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剧情：主线与日月的差异大概有20% 左右(不含二周目与究极洞)，大多是细节或流程更动(修正)，美乐美乐(一岛)变化较多些，二岛后变化就慢慢少了。支线：多了些小支线，如可霓可市的百变 5 怪任务与究极探险对。宝可梦探索镜的地点多了一两个。
宝可梦：可抓到较日月多的种类。初始的御叁家招式学习顺序有更动。
画面：美乐美乐(一岛)的画面变化较明显，二岛之后变化少，但整体画面的彩度有加强。进入战斗画面时，多了光晕效果。部分招式的特效有更动。
游戏难度：较日月提高了些许，如到达乌拉乌拉岛(叁岛)后，与哈乌的对战中，日月版中他仅使用叁只宝可梦，在终极日月中，他使用了五只宝可梦。其次，在路上的路人对战难度也增加了(叁岛最明显。)