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整个故事发生在1代的光**弹成功**后6个月，Sera星球在Delta小队的帮助下换来了短暂的和平。不过当时的爆破带来了不少负面影响，**导致许多有毒气体从地底渗出，原本数量已经岌岌可危的人类再次遭到威胁。当局政府被迫扩大招兵，让非联盟地区的散兵也加入反击战役。同时人类最后的几个安全的城市Tollen和Montevado也一一遭到攻击，整个城市塌陷到地底，所有的防御设备变的毫无用处。COG总部认为这些攻击意味着Locust族的复苏。为了保护人类最后的安全区域贾辛图(Jacinto)，当局决定派遣COG部队发起一次总攻同时营救被困的幸存者，目标直指Locust活动猖獗的Landdown地区。Delta小队的冒险再次展开，这次的部队又会有几名猛将加入。1)海伦.库帕博士(Helen Cooper)完善了光质能源的采集科技，这个科技能让一种叫Imulsion的光属性物质转化成能源。新能源科技马上成为了该联盟的新能源来源。
2)潘度轮战争(Pendulum War)爆发，当局政府否决了能源共享协议。能源匮乏的国家开始发动攻击，为图控制新能源。
3)大约6年后潘渡轮战争结束，能源之战中止。希望短暂的回到Sera星球上。
4)E-Day(Emergence Day) 生活在Sera星球地底的Locust Horde族发动大规模突然袭击，人类的主要城市全部无一幸免，4分之1人口在这次突袭中丧生，还未从潘度轮战争中恢复的人类部队被迫撤退。
7)Delta小队同时沿路寻找Aloha小队的幸存者，最后发现仅存的3人：戴蒙.布来德(Damon Baird)，阿尔格斯特斯.科尔(Augustus Cole)和那位被女兽人撕烂的胆小鬼。6人组成小队目标寻找Locust族的地道全图并安置初代光**弹。
8)Delta小队队长Kim上尉在随后的突围战中被大家“敬仰”的拉姆将军(General RAAM)杀害，马库斯被晋升成军士带领Delta小队完成之后的任务。
10)Delta小队成功引爆初代光**弹，但是威力没有达到预期效果。Delta被迫寻找更详细的地底地图，目标所在地是以前马库斯父亲的庄园。
11)几番周折和无数战役以后Delta小队成功引爆新型光**弹，**渗透到兽族的地道网络内部消灭了大部分敌人和隧道。危机暂时被解除。
12)6个月后，人类的2座安全城市Tollen和Montevado神秘塌陷。当局部门认为兽族反击已经开始。
二代的剧情衔接着一代的最后，D小队成功的将光子炸弹投进了兽族的主要据点，维安政府以为这样便可以成功的消灭掉兽族，没想到兽族大难不死的逃过了一劫，并且再次集结了更庞大的武力攻向维安政府的首都贾辛图，维安政府的军队节节败退。
在受到兽族连番猛攻之下，维安政府宣布要对兽族的大本营-兰登市进行突击，然而在这一次突袭行动的最后却发现兽族打算利用巨大的凿地虫将贾辛图直接崩毁，在阴错阳差之下被钻地虫吞进肚子里的D小队从内部将钻地虫的心脏血管锯断，阻止了钻地虫的挖土行动。
正当D小队打算要退回贾辛图时却又被临时指派去寻找兽族女王所在的位置，马可斯发现藏有兽族基地的工厂正培育着一些被称为种兽的谜样生物，为了取得兽族基地位置，马可斯误将这些种兽释放出来，在最后马可斯利用铁门隔离了这些种兽。
取得兽族基地位置的D小队开着半人马坦克前往雪山并且成功潜入了兽族的基地，马可斯要多姆跟他潜行到内部引导维安政府的军队攻击兽族皇宫，然而多姆为了寻找他的老婆而要求马可斯先帮助他，在无可奈何之下马可斯只好跟他一起去寻找，马可斯利用兽族的终端机找到了一些线索，同时也发现到如果反过来利用贾辛图崩毁这一点可以直接摧毁兽族的大本营。虽然马可斯找到了能够消灭兽族的方法，可是多姆却找到了他最不想遇见的答案。
愤怒的多姆跟马可斯一路杀到兽族皇宫附近，利用杰克的定位共鸣器将维安政府军队一一的诱导过来，途中却发现兽人被萤光族打得节节败退，也因此得以趁机进入到女王所在的宫殿。
在司寇将军的牵制下兽族女王成功的逃离皇宫，D小队为了追女王骑乘掠夺兽跟司寇将军一决死战，最后胜利的结果却失去了女王的踪影，D小队只好赶回贾辛图协助维安政府军队防守并且执行崩毁计画。
深知维安政府计画的兽族倾全军对贾辛图展开总攻击，马可斯跟多姆被指派去引导制造中的光子炸弹的引爆点，马可斯想到了利用巨龙兽将贾辛图地下的岩柱击毁制造了一个大洞，不料载运光子炸弹的直升机被马可斯乘坐的巨龙兽给击毁，同时巨龙兽因为长时间处于伊姆能源之下而突变成萤光族，急中生智的马可斯利用黎明之锤将同等于一枚光子炸弹的萤光巨龙兽给烧毁，一阵巨大的爆炸摧毁了贾辛图，以及在这之下的兽人基地，二代的剧情到此结束。
然而，维安政府跟兽族的战争还没有结束。