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《口袋妖怪：漆黑的魅影》5.0版本中，一上来就是小田卷博士与我们对话，根据引导设定好自己的性别以及名字，然后剧情是玩家扮演的主角陷入了莫名的沉睡，目前是在进行引导主角醒过来的实验中。具体剧情流程如下所示。在小田卷博士的引导下正式开始黑魅之旅
首发场景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡
然后是主角的梦境里，选择最上方的红色大门，其他两个进不去
回到了卡车内，这是主角来到芳缘的第一天
依然看不到爸爸的镜头，妈妈说要你去找小田卷博士
去二楼调戏下小遥，就出门吧
向上走，发现小田卷博士再次被追了(为什么说再次呢==)
选初始精灵吧(小夜选了傲娇蛇)
回到研究所里，从博士那里拿到精灵后答应去找小遥
继续向上，在幻影之森找到索罗亚变成的小遥
小遥表示要跟主角在103号道路比试(103号路平面地图)
在下方路口找到小遥，对话进入战斗，小遥精灵：Lv.5火雉鸡
胜利后得到小遥的半个爱心球(定情信物吧~)
打败几个训练师，在路口被叫住了，竟然是火箭队
火箭队的目标当然是主角手上的精灵了，进入战斗
胜利后火箭队跑掉了，而此时在研究所内，阿克罗玛发觉有些不对劲
与爸爸对话后，与小光一起去抓精灵，此后略去无数字
与亚希达相遇(之后就不提这时不时出现的酱油君了)
老地方又跟大叔见面了