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当年蜀山五长老运用了被祖师禁用的蜀山密术，将自身的邪念从体内排出，封印入锁妖塔，令自身修为大进。哪知邪念竟然修成一体，趁蜀山派混乱之际破坏封印逃出。后邪剑仙记恨蜀山五长老，无时无刻不想着找到五长老报仇，他也很想知道当年蜀山五长老将邪念从体内排出的事情到底是怎么一回事。由于蜀山与蓬莱交厚，邪剑仙先行扰乱蓬莱，逼问蓬莱掌门商风子，关于蜀山八十年前的旧事。由于其法力高深，商风子未能看出他不是蜀山清微掌门。正被逼问无奈之际，紫萱看出了邪剑仙的破绽，重楼出现，将邪剑仙镇走。
被识破以后，邪剑仙不甘失败，他化身清微掌门，带上长卿，企图上蜀山去迷惑蜀山弟子。好在紫萱带领景天等人，赶到蜀山，阻止了邪剑仙的阴谋。
为了自己的实验，他和霹雳堂罗如烈合作，把霹雳堂弟子变成妖物，使攻击力大大增强，这是唐门式微的原因。
但是由于这些对于人来讲很强，对付其他五界就不行了，所以他打算夺取镇妖剑，在蜀山将拿着镇妖剑的雪见一击毙命，并杀死了清微掌门。因为雪见是神树化成，所以躯体是神界神物，所以邪剑仙偷走她的肉身准备合体。经过景天等人的努力，终于使雪见脱离鬼界，到冰风谷，抢在邪剑仙阴谋占用雪见肉身之前，还魂成功。
邪剑仙恨阴谋未成，打算炼成一炳邪剑，来助自己报仇。景天等人来到剑冢，进入姜国原来的铸剑厅，正遇邪剑仙。邪剑仙为夺魔剑，使用姜国秘传毒药，将众人毒倒，夺取景天手中魔剑，然后将镇妖剑与魔剑同入铸剑炉，邪剑铸成。剑铸成之后，邪剑仙将镇妖剑插进了景天的胸膛，杀了景天。为了救景天，雪见和龙葵其中一人跳炉，救活景天并修复其中一把剑(这与游戏进程以及好感度等各方面有关，雪见跳炉则修复魔剑，龙葵跳炉则修复镇妖剑)。
紫萱预料到邪剑仙必然前去祸害蜀山，所以立即御剑前往蜀山，看到四长老以及长卿正在尽力抵御邪剑仙。邪剑发挥威力，将锁妖塔损坏，四长老和长卿合成五灵法阵限制了邪剑仙的法力。景天等人先战邪剑仙，将其打败。战败之后，邪剑仙分出四个邪灵，侵入四长老身体。景天等人再打败以四长老为宿体的邪剑仙以后，邪剑仙真身出现。再次战胜之后，邪剑仙终于彻底覆灭……