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“造物主”利用某种分子武器对孕育出有机生命体的星球表面进行改造，将那些有机体转化为“变形金属”（Transfomium）：一种可以用来制造和修复硅基生命体的特殊金属。“造物主”使用搜集来的“变形金属”制造了赛博坦星，不久后又研制出“宇宙立方体”（Cube）为这颗星球提供能量，在那里创造出了一种具有自我意识的机械生命体。这些生物自称为赛博坦星人，并且将“宇宙立方体”视为创造自己的圣物，将其称为“万源火种”（Allspark）。
在所有“火种”创造出来的赛博坦星人当中，最初诞生的七位“至尊”（Prime）联合在一起建立了“至尊王朝”（Dynasty of Primes），统一了整个赛博坦星。
“造物主”在建造赛博坦星之前，还实验性地建造过另一颗巨大的机械金属行星，不过由于错误的实验导致这颗星球拥有自我意识，也就是后来的“宇宙大帝”（Unicron）。
“至尊王朝”建立初期不断地在同“宇宙大帝”作战，最后凭借“火种”的力量，七位“至尊”击败了“宇宙大帝”并隔离了它的意识，将其躯体推往银河系边缘。“宇宙大帝”后来被太阳的引力捕获，开始稳定地围绕其轨道运行，星际物质逐渐包裹住它的躯体形成一个新的行星——地球。
“造物主”造访太阳系，在地球表面利用分子武器制造大批“变形金属” ，在这个过程中，“造物主”中的“女巫”昆泰莎还利用太阳的能量为自己创造了另一批硅基生物，这些生命体能够模仿地球上的恐龙而随意切换形态，它们中的一部分成为后来的“恐龙金刚”（Dinobot），另一部分被挑选出来成为昆泰莎的守护者，即“护卫铁骑”（Knights of Iacon）。
“火种”在创造了七位“至尊”之后已经消耗了大部分能量，所以后来的赛博坦星人并不是使用“火种”创造出来的。“至尊王朝”通过对“火种”的逆向研究开发出一种名为“能量晶体”（Energon）的物质，能够达到类似创造机械生命的效果，不过需要恒星级的能量才能生产。
制造这种“能量晶体”需要大规模采集恒星的能源，这个过程可能导致该恒星的内核枯萎，所以七位“至尊”达成一致，不会在任何已经出现生命的星系中采集恒星能源。
七位“至尊”中的一员“震天尊”（Megatronus Prime），认为自己才是天选之子，逐渐对自己六位兄弟保守的扩张政策感到不满。它觉得没有理由为那些原始落后的碳基生命浪费时间，所有赛博坦星可以利用的恒星都应该被“收割”。
于是“震天尊”开始在王朝内部悄悄招募和自己理念相通的人，它将这些人称为“霸天虎”（Decepticons），其中它最信任的就是“天火”（Jetfire）和“威震天”（Megatron）。
“天火”为“震天尊”找到大量可以用来“收割”的恒星，虽然这些星系中许多都孕育有生命，但是“震天尊”并不以为意，在王朝内部宣称这些星系根本没有生命，然后肆意收割恒星的能量，进而导致大量生命灭绝。
“震天尊”在这段时间里不断扩大自己和“霸天虎”的实力，已经到了能够与“至尊王朝”一较高下的地步。它们开始公开在地球上建造“恒星收割者”（Star Harvester），企图吸收太阳的能量继续扩充武备。“震天尊”希望以这种方式迫使其他六名“至尊”现身，到地球上阻止它的计划，这样便会落入“霸天虎”布置的陷阱，一举将“至尊王朝”的首脑端掉。
不过一次又一次的生命大灭绝让“天火”陷入自责，最终导致它背叛了“震天尊”和“霸天虎”。这个计划被“天火”泄露出去，虽然让六名“至尊”暂时逃过一劫，但是它们面对实力大大增强的“震天尊”依然毫无胜算。眼看要被“震天尊”一个一个消灭，“至尊”们选择牺牲自己的生命，将开启“恒星收割者”的钥匙——“首领矩阵”（Matrix of Leadership）封存在地球上的某个秘密地点，并将“震天尊”囚禁在一个异次元的石棺监狱之中。
七位“至尊”的突然失踪导致赛博坦星爆发了严重的内战，各个派别为了争夺有限的“能量晶体”开始自相残杀。其中“霸天虎”是这些派系中最具实力，也最有可能重新统一整个赛博坦星的力量，不过“震天尊”背叛“至尊王朝”的事实也让众多较小的派系逐渐联合起来，组成“汽车人”（Autobots），在两位“至尊”后裔：御天敌（Sentinel Prime）和擎天柱（Optimus Prime）的领导下反抗“霸天虎”的统治。
经过常年的内战，“汽车人”终究还是在实力上逊于“霸天虎”，为了避免对手获得“火种”，作为前赛博坦星科学顾问的擎天柱不得已将“宇宙立方体”发射到深空之中。
此时节节败退的“汽车人”已经无力抵抗“霸天虎”的进攻，赛博坦星也因为战争千疮百孔，御天敌认为自己的种族想要生存就必须寻找新的出路，于是选择将“宇宙立方体”的去向告知“威震天”，并与其秘密约定在地球会面，共同商讨赛博坦星的未来。
没想到御天敌乘坐“方舟号”在前往地球的途中，遭到尚不知情的“霸天虎”攻击，飞船的超光速引擎被摧毁，导致“方舟号”只能以低速巡航且无法改变航向。
“宇宙立方体”在公元前10,000年左右坠入地球大气层，追踪立方体而来的威震天却因为被陨石击中导致偏航，坠毁在北极。威震天的意识流因为撞击而突然中断，被长时间冰封在极地的冰层之下。
残存的“霸天虎”虽然最终赢得了战争，但是赛博坦星却因为战争变得不再适合居住，它们中的大部分都选择逃亡到其他的星系隐居起来。
身为赛博坦星的创造者，“造物主”对这批“实验品”并不满意，认为它们野蛮好斗，同那些有机生命体没有什么区别。大部分“造物主”决定抛弃赛博坦星，转而进行下一项创世实验，只有“女巫”昆泰莎（Quintessa）坚持认为赛博坦星还值得拯救。
于是昆泰莎独自留下继续这个实验项目，她唤醒了之前在地球上创造的“护卫铁骑”（Knights of Iacon）作为自己的守护者，帮助自己实施赛博坦星的复兴计划。
“护卫铁骑”得知昆泰莎想要吸收“宇宙大帝”（Unicron）的能量输送给赛博坦星，以此来重新激活星球的内核，但是这样也会导致地球被彻底摧毁。
诞生在地球上的“护卫铁骑”决定背叛自己的主人，将昆泰莎的法杖偷走，并悄悄藏在地球上。
一个叫做梅林的年轻人类无意间进入了“护卫铁骑”的神殿，他和这些高大的智能机械达成协议，替它们保守秘密，但条件是必要的时候骑士团们须在梅林的召唤下展现“神迹”。
十多年后，梅林借用“护卫铁骑”的力量帮助亚瑟王击退了撒克逊人的进攻，同时梅林还赢得了骑士们的信任，替它们保管“昆泰莎之杖”。
由于“昆泰莎之杖”写入了梅林的DNA，只有他和他的后人才能够使用，于是梅林创建了“维特维坎骑士团”（the Order of Witwiccans），以此守护赛博坦星人在地球上的秘密。
“维特维坎骑士团”的成员之一，极地探险家阿奇博尔·维特维奇（Archibald Witwicky）在探索北极圈的过程中找到了“威震天”的坠落地点，并且在“无意间”启动了它的导航系统，将“宇宙立方体”的坐标打印在自己的眼镜上。
“宇宙立方体”在北美科罗拉多河的上游地区被发现，针对这项重大发现，美国政府成立了“七号分局”，专门从事与之相关的研究。
“威震天”的坠落地点被“七号分局”秘密开掘，随即它被命名为“NBE-1”（地外非有机生命体），并且被冷冻运送至胡佛水坝下的研究基地。对“NBE-1”的逆向工程研究开启了人类的信息革命，大大加快了人类的科技发展进程。
人类的深空探测器侦测到有外星飞船坠毁在月球背面（御天敌的方舟号），肯尼迪总统的团队认为该飞船很可能与“七号分区”发现的“NBE-1”有关，于是签署法案启动阿波罗计划，争取尽快派人前往月球实地调查事件真相，引发了美苏两国的太空军备竞赛。
阿姆斯特朗在方舟中发现了大量死亡的“NBE”，但是没有察觉还有一位仍然活着，在飞船底舱处于深度睡眠状态。
紧接着美国登月的脚步，苏联航天部门同样在月球登陆后找到了方舟，他们还成功带回飞船的引擎部件和一枚能量电池用于技术研究，不过这枚电池在乌克兰的研究基地中爆炸，引发了切尔诺贝利核电站的核泄漏事故。
堕落者“震天尊”从石棺监狱中逃脱，祂认为“擎天柱”极有可能将“火种”送往地球，于是召集“霸天虎”潜入地球调查“威震天”的下落，通过迷乱（Frenzy）在空军一号通讯网络中搜集到的资料，“霸天虎”发现了关于阿奇博尔·维特维奇和“NBE-1”的关键资料。
与此同时阿奇博尔·维特维奇的曾孙山姆无意间买下了一辆老款雪佛兰科迈罗跑车，没想到其实是由“汽车人”中的“大黄蜂”（Bumblebee）伪装而成。在“大黄蜂”的帮助下，山姆躲过了“霸天虎”的追捕，他就此决定帮助“汽车人”找到“火种”的具体位置。
“七号分区”关押“NBE-1”的研究基地遭到破坏，“威震天”从冷冻状态中苏醒，带领“霸天虎”准备抢夺“火种”，打算利用“火种”的能量将地球上的机械替转换成生命体，借此统治这个新的世界。虽然“汽车人”在“擎天柱”的带领下赶来增援，但是依旧无法抵挡“霸天虎”的进攻，危急时刻山姆将手中的“火种”推进“威震天”的胸膛，利用“火种”的能量摧毁了它的内核，不过也导致“宇宙立方体”被撕裂成许多碎片。
“威震天”在地球上的失败让“震天尊”意识到不能小看人类和“汽车人”的实力，祂一边养精蓄锐，一边召集散落在其他星系中的“霸天虎”。
同时“声波”（Soundwave）通过间谍卫星找到了“威震天”的尸体和“火种”残片的存放地点。残存的的“霸天虎”偷走了最后的“火种”并用其复活了“威震天”。
在“震天尊”的授意下，“威震天”和手下决定重启被金字塔包裹起来的“恒星收割者”，让它吸收太阳的能量大规模生产“能量晶体”，但是这个计划被人类和“汽车人”的联盟阻止。最后“震天尊”虽然亲自出马，却被利用“首领矩阵”重生的“擎天柱”击败。
眼见大势已去的“威震天”在红蜘蛛的劝阻下只好放弃进攻，暂时撤退到非洲的沙漠地带隐居起来。
“汽车人”和“N.E.S.T”在切尔诺贝利的调查中发现了“方舟号”留下的组件，这才知道人类其实早就知晓有外星飞船坠落在月球的消息。
擎天柱对人类隐瞒了这个关键信息感到极为不满，亲自前往月球带回了深度昏迷中的御天敌，但是苏醒过来的御天敌很快反水，不但杀死了铁皮（Ironhide）还将“汽车人”控制的“能量电池”抢走。
原来所谓的“能量电池”是御天敌开发的“空间桥”的启动装置，利用“空间桥”可以将任何物体远距离传输到“能量电池”所在的位置，而“御天敌”上万年前就已经和威震天串通，准备将赛博坦星传送到地球的位置，利用太阳的能量重新激活濒死的赛博坦星。
早已被“霸天虎”渗透的人类企业艾奇丽塔系统（Accuretta Systems）在芝加哥城区部署了所有“能量电池”，但是传送进行到一半的时候被擎天柱阻止，整个赛博坦星的星体被严重撕裂彻底成为一颗死亡星球。
御天敌在随后与擎天柱的单挑中占据上风，却威震天从背后偷袭，躲过一劫的擎天柱结果了威震天，同时也忍痛将奄奄一息的昔日导师御天敌击杀。
经过“芝加哥事件”，美国政府不再信任任何赛博坦星人，为了应对外星威胁而新成立的“墓风部队”（Cemetery Wind）开始四处猎杀“霸天虎”的同时，也秘密猎杀“汽车人”，“擎天柱”和“大黄蜂”等幸存者为此不得不各自躲藏起来。
见到自己创造的赛博坦星如今彻底沦为死亡星球，昆泰莎决定开启自己的复兴计划。祂一边逐步将赛博坦星向到太阳系附近；一边雇佣当年在内战中保持中立的“禁闭”（Lockdown）前往地球，将唯一存世的“至尊”擎天柱带回赛博坦，面见它们的创造者。
“禁闭”同科技企业KSI媾和在一起，利用公司贪婪的心理生产“人造金刚”，条件是要帮助它活捉擎天柱。KSI利用在“芝加哥事件”中被杀死的“威震天”制造出了更为强大的“惊破天”（Galvatron），但没想到是“威震天”残留的意识在利用KSI为自己制造了新的躯体。
重生的“惊破天”打算使用“禁闭”留下的分子武器“种子”，将地球上的有机体转换成“变形金属”。不过这次，“擎天柱”得到了古老的“恐龙金刚”的帮助，再次挫败了威震天 / 惊破天的计划。
而“禁闭”想要亲手将擎天柱捉回赛博坦，却被加入战局的大黄蜂和擎天柱联手击杀。
经过了连续的赛博坦星人入侵，地球内核中的“宇宙大帝”有逐渐苏醒的趋势，世界各地开始出现巨型的号角且体积还在不断增大。
而前往赛博坦与“造物主”当面对峙的“擎天柱”却被立刻制服，昆泰莎将其洗脑改造为“堕落者”暗天陨（Nemesis Prime）。
暗天陨被遣回地球寻找“昆泰莎之杖”，昆泰莎打算用它接入位于巨石阵下方的锚点，吸收“宇宙大帝”/地球的能量。
此时薇薇安得知自己是梅林法师唯一在世的血统继承者，她在“汽车人”的帮助下找到了梅林的墓穴，不过“暗天陨”出现试图抢夺“昆泰莎之杖”。就在“暗天陨”要将众人一个一个杀死的时候，“大黄蜂”开始用自己本来的声音说话，让“擎天柱”的意识再次回归。
“惊破天”利用“汽车人”内讧的机会趁机夺走了“昆泰莎之杖”，用它开启了“宇宙大帝”的锚点，让已经泊入地球轨道的赛博坦星尽情吸收泄露出来的能量。
与此同时，赛博坦星被昆泰莎推入了地球轨道，残存的星体与地球发生碰撞，上千万人因此死亡。不过在人类军队和“汽车人”的掩护下，薇薇安进入了赛博坦星的点火室，将法杖从锚点拔出，终止了昆泰莎的计划。
虽然地球内核不再有枯萎的风险，但是“宇宙大帝”依然有随时苏醒的可能，擎天柱和“汽车人”们决定前往跟地球处于同步轨道中的母星赛博坦，尝试修复那里的星球核心，为“宇宙大帝”的复出做好准备。
而此时地球上，从大战中幸存的昆泰莎伪装成人类的模样，继续执行着自己的计划......