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《仙剑奇侠传2外传：九重天的彼端中文版》讲述一场上古时代的神魔之战。上古时代，盘古开天，三皇创世，神、人、兽形成；神与三皇居于天，人兽居于地；然三皇亦有不同的理念，彼此并不能完全认同，最终出现了三皇争霸，然而也应此形成了六界之分；六界之中属神魔为首；两界相争近万年却始终没有结果。故事发生在仙剑二的十多年后，主角叶云英原本是镇江的舵手，某日因机缘巧合遇到欲寻仙的少女上官皓羽，两人于是结伴而行踏上了求仙问道的旅途。然而道路并不平坦，途中遇到了许多奇遇，结识了许多伙伴，而他却不知道，因为宿命使他卷入了一场上古时代遗留下来的纷争，他能否摆脱命运的纠葛呢？
虽然游戏是《仙剑奇侠传2》的外传，但是却使用了仙剑3的界面以及幻想水浒传的人物
游戏中的各个人物都有自己独特的五行设定，法术上的设定也是根据人物的不同而又有着不同的攻击或者辅助效果