工程欠款纠纷起诉程序是：
1、准确选择被告，在提起诉讼之时只要选择发包人、承担连带责任保证担保方式的任何当事人，包括一人或几人作为被告;
2、提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本;
3、根据谁主张谁举证原则，原告向*起诉提交相应的材料;
4、立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续;
5、当事人在收到受理*书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费;
6、立案手续后，案件由*排期开庭。
【法律依据】
根据《民事诉讼法》第一百四十九条，人民*适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月;还需要延长的，报请上级人民*批准。